Yazdır

Kısa Bildiri/Short Communication
Mikrobiyol Bul 2021;55(3):435-444

Semptomatik ve Asemptomatik COVID-19 Hastalarında
Gerçek Zamanlı PCR Döngü Eşik Değerlerinin Karşılaştırılması

Comparison of Real Time PCR Cycle Threshold Values
in Symptomatic and Asymptomatic COVID-19 Patients

Harun GÜLBUDAK1 , Şinasi KARVAR1 , Gizem SOYDAN1 , Seda TEZCAN ÜLGER1 , Özlem KANDEMİR2 , Lülüfer TAMER3 , Ali Aydın ALTUNKAN4 , Asena Ayça ÖZDEMİR5 , Gönül ASLAN1

1Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin.

1Mersin University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Mersin, Turkey.

2Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Mersin.

2Mersin University Faculty of Medicine, Department of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Mersin, Turkey.

3Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı, Mersin.

3Mersin University Faculty of Medicine, Department of Medical Biochemistry, Mersin, Turkey.

4Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon Anabilim Dalı, Mersin.

4Mersin University Faculty of Medicine, Department of Anesthesiology and Reanimation, Mersin, Turkey.

5Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıp Eğitimi Anabilim Dalı, Mersin.

5Mersin University Faculty of Medicine, Department of Medical Education, Mersin, Turkey.



Makale Atıfı:Gülbudak H, Karvar Ş, Soydan G, Tezcan Ülger S, Kandemir Ö, Tamer L ve ark. Semptomatik ve asemptomatik COVID-19 hastalarında gerçek zamanlı pcr döngü eşik değerlerinin karşılaştırılması. Mikrobiyol Bul 2021;55(3):435-444.

ÖZ

Şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2) ile enfekte hastalar, asemptomatikten yoğun bakım tedavisi gerektiren ciddi enfeksiyona ve ölüme kadar değişen farklı klinik seyirler gösterir. Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19)’un tanı, tarama ve sürveyansında kullanılan gerçek zamanlı revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR), örnekteki viral yükün ölçüsünü döngü eşik değeri [cycle threshold (Ct)] olarak sağlar. Ct değerinin enfeksiyonun seyri ve hastanın klinik durumu ile ilişkili olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmada, rRT-PCR ile pozitif bulunan semptomatik ve asemptomatik hastaların Ct ve C-reaktif protein (CRP) sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya 14 Nisan-29 Ağustos 2020 tarihleri arasında SARS-CoV-2 rRT-PCR testi pozitif, 18 yaş ve üzeri 355 hasta dahil edilmiştir. COVID-19 rRT-PCR testi, Bio-speedy SARS-CoV-2 rRT-PCR kit (Bioeksen, Türkiye) versiyonları ile yapılmış, RdRp gen bölgesini hedefleyen kit, N ve ORF1ab gen bölgelerini hedefleyen çift gen kit versiyonları kullanılmıştır. Çalışmada hastaların semptom, yaş, cinsiyet ve altta yatan hastalık verileri değerlendirilmiştir. COVID-19 PCR testi pozitif hastalar klinik bulgularına göre semptomatik ve asemptomatik olarak sınıflandırılmıştır. Hastaların Ct ve CRP sonuçları istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Çalışmaya dahil edilen 355 hastanın 237 (%66.7)’si semptomatik, 118 (%33.2)’i asemptomatik hastalardan oluşmaktadır. Semptomatik hastaların yaş ortalaması (46.68 ± 18.03); asemptomatik hastalardan (38.27 ± 13.82) daha yüksek gözlenmiştir (p< 0.001). Hastalar yaş gruplarına göre değerlendirildiğinde 21-39 yaş arası hastalarda asemptomatik olanların oranı daha yüksekken, 65 yaş ve üstü hastalarda semptomatik olanların oranı daha yüksek tespit edilmiştir (p< 0.05). COVID-19 hastalarında komorbidite oranı semptomatik hastalarda (n= 69, %29.1), asemptomatik (n= 11, %9.3) hastalardan daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Semptomatik hastalarda en sık hipertansiyon (%12.2), diabetes mellitus (%9.7), kronik solunum hastalığı (%9.3) ve kardiyovasküler hastalıklar (%5.5) tespit edilmiştir. Ancak bunlardan hipertansiyon ve kronik solunum hastalığı semptomatik hastalarda daha yüksek saptanmıştır (p< 0.05). Semptomatik hastalarda CRP yüksekliği oranı (%64.6), asemptomatik hastalardan (%27.3) daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Ct değeri medyanı asemptomatik hastalarda 26.34 [19.78-35.48] semptomatik hastalardan 21.77 [17.81-26.51] daha yüksek saptanmıştır (p< 0.001). Hedef genlerden elde edilen Ct değeri medyanlarına bakıldığında RdRp geni asemptomatik hastalarda semptomatik hastalardan daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Ancak ORF1ab ve N geni Ct değeri medyanlarında semptomatik ve asemptomatik hastalar arasında istatistiksel bir fark saptanmamıştır (p< 0.05). Sonuç olarak çalışmada SARS-CoV-2 PCR pozitif hastaların ileri yaş ve komorbidite varlığında semptomatik seyrettiği görülmüştür. Hastaların hastaneye başvuru sırasındaki artmış CRP değeri semptomatik hastalarda daha yüksek saptanmıştır. Ct değerinin ise beklenildiği gibi semptomatik hastalarda daha düşük olduğu ortaya konmuştur. Ct ve CRP değerlerinin COVID-19’lu hastaların klinik seyrini ve prognozunu takip etmede faydalı olabileceği düşünülmekle beraber klinik değerini kanıtlamak için daha ayrıntılı çalışmalara ihtiyaç vardır.

Anahtar kelimeler: SARS-CoV-2; COVID-19; cycle threshold (Ct); viral yük; CRP.

ABSTRACT

Patients infected with severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) show different clinical courses ranging from asymptomatic to severe infection requiring intensive care treatment and death. Real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR), used in the diagnosis, screening and surveillance of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), provides the viral load as a cycle threshold (Ct) value. It has been reported that the Ct value may be related to the course of the infection and the clinical condition of the patient. In this study, it was aimed to compare the Ct and C reactive-protein (CRP) results of symptomatic and asymptomatic patients who were found to be positive with rRT-PCR. Between 14 April and 29 August 2020, a total of 355 patients aged 18 years and older with positive SARS-CoV-2 rRT-PCR test were included in the study. The COVID-19 rRT-PCR test was performed with Bio-speedy SARS-CoV-2 rRT-PCR kit (Bioeksen, Turkey) versions, the kit targeting the RdRp gene region, and the dual gene kit versions targeting the N and ORF1ab gene regions were used. Patients were classified as symptomatic and asymptomatic according to their clinical findings. Ct and CRP results of the patients were analyzed statistically. Of the 355 patients included in the study, 237 (66.7%) were symptomatic and 118 (33.2%) were asymptomatic patients. The mean age of symptomatic patients (46.68 ± 18.03) was observed significantly higher than asymptomatic patients (38.27 ± 13.82) (p< 0.001). When the patients are evaluated according to the age groups, the rate of asymptomatic patients was significantly higher in the 21-39 age group, while the rate of symptomatic patients was significantly higher in 65 years and older group (p< 0.05). The rate of comorbidity was significantly higher in symptomatic patients (n= 69, 29.1%) than in asymptomatic patients (n= 11, 9.3%) (p< 0.001). Hypertension (12.2%), diabetes mellitus (9.7%), chronic respiratory disease (9.3%) and cardiovascular diseases (5.5%) were the most common diseases in symptomatic patients. However, among these, hypertension and chronic respiratory disease were found significantly higher in symptomatic patients (p< 0.05). Increased CRP rate in symptomatic patients (64.6%) was found significantly higher than asymptomatic patients (27.3%) (p< 0.001). The median of Ct value was found significantly higher in asymptomatic patients (26.34, IQR= 19.78-35.48), than in symptomatic patients (21.77, IQR= 17.81-26.51) (p< 0.001). Regarding the medians of Ct values obtained from target genes; RdRp gene Ct value was found significantly higher in asymptomatic patients than in symptomatic patients (p<0 .001). However, no statistical difference was found between symptomatic and asymptomatic patients in the ORF1ab and N genes Ct value medians (p> 0.05). As a result, it was observed that SARS-CoV-2 PCR positive patients were symptomatic in the presence of advanced age and comorbidity. Increased CRP value at the time of admission to the hospital was found significantly higher in symptomatic patients. Ct value has been shown to be lower in symptomatic patients, as expected. Although Ct and CRP values are thought to be useful in monitoring the clinical course and prognosis of patients with COVID-19, more detailed studies are needed to prove their clinical value.

Keywords: SARS-CoV-2; COVID-19; cycle threshold (Ct); viral load; CRP.

Geliş Tarihi (Received): 18.02.2021 - Kabul Ediliş Tarihi (Accepted):05.05.2021

GİRİŞ

Ağır akut solunum yolu sendromu koronavirüs-2 (SARS-CoV-2); pozitif polariteli, segmentsiz, helikal kapsitli, tek sarmallı RNA virüsleridir[1]. SARS-CoV-2 virüsü kişiden kişiye damlacık yoluyla bulaşarak yayılmakta ve koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19)’a neden olmaktadır. SARS-CoV-2 ile enfekte hastalar, asemptomatikten yoğun bakım tedavisi gerektiren ciddi enfeksiyona ve ölüme kadar değişen farklı klinik seyir gösterir[2]. COVID-19’un tanı, tarama ve sürveyansında kullanılan standart tanı yöntemi; RdRp, HE, ORF1, N, S, E, M ve Hel gibi gen bölgelerinin hedeflendiği gerçek zamanlı revers transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PCR)’dur[1],[3]. rRT-PCR döngü eşik değeri “cycle threshold (Ct)”, hedef genin amplifikasyonu sonucu oluşan floresan sinyalin pozitiflik eşik seviyesine ulaştığı termal döngü sayısını temsil etmektedir. Bu nedenle Ct değeri örnekteki viral yükü ifade eder ve ters orantılıdır. Ct değeri ne kadar düşükse örnekteki viral RNA kopya sayısı o kadar yüksektir[4]. Ct değerinin, hastalık şiddeti ve bulaş olasılığını belirlemede önemli bir faktör olabileceği bildirilmiştir[4],[5]. Hastaneye başvuru sırasında semptomları şiddetli olan, yoğun bakım ihtiyacı gerektiren ve kötü prognoz gösteren olgularda viral yükün daha yüksek olduğu bildirilmiştir[6]. Ayrıca ileri yaş ve eşlik eden komorbiditeler ile ilişkili olarak pozitiflik süresinin uzun sürdüğü ve hastalığın şiddetine bağlı olarak Ct değerinin ilk 12 gün düşük seyrettiği raporlanmıştır[6]-[8].

C-reaktif protein (CRP) seviyesinin şiddetli COVID-19 hastalarında, enfeksiyonun ilk aşamasında, bilgisayarlı tomografi (BT) bulgularından önce önemli ölçüde artış gösterdiği bildirilmiştir[9],[10]. COVID-19 PCR pozitif hastaların test sonuçlarının yakından incelenmesi klinik ve halk sağlığı stratejilerinin yönlendirilmesine yardımcı olabilir. Bu çalışmada, rRT-PCR testi ile pozitif bulunan semptomatik ve asemptomatik hastaların Ct ve CRP sonuçlarının karşılaştırılması amaçlanmıştır.

GEREÇ ve YÖNTEM

Bu çalışma için T.C. Sağlık Bakanlığı Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü Bilimsel Çalışma Platformu’ndan izin alındı (Karar No: Ülger-2020-06-15T14_00_52 ve Tarih: 18.06.2020) ve bu çalışma Mersin Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu onayı ile gerçekleştirildi (Karar No: 2020/717 ve Tarih: 28.10.2020).

Çalışmaya, 14 Nisan-29 Ağustos 2020 tarihleri arasında Mersin Üniversitesi Hastanesi COVID-19 laboratuvarında SARS-CoV-2 rRT-PCR testi pozitif bulunan, 18 yaş ve üzeri 355 hasta örneği dahil edildi. COVID-19 laboratuvar tanısı, viral transport besiyeri (VTM) ya da viral nükleik asit tamponu (vNAT) içeren tüplere alınan nazofarengeal ve orofarengeal sürüntü örneklerinden, vNAT solüsyonu ile izole edilen viral RNA’ların rRT-PCR testi ile yapıldı. PCR testi Bio-speedy SARS-CoV-2 rRT-PCR kitleri (Bioeksen, Türkiye) kullanılarak Qiagen Rotor-Gene Q 5plex real time PCR cihazında yapıldı. Çalışma sürecinde SARS-CoV-2 tespiti için farklı zamanlarda RdRp gen bölgesini hedefleyen kit, N ve ORF1ab gen bölgesini hedefleyen çift gen çift kanallı kit ve çift gen tek kanallı kit olmak üzere üç farklı kit versiyonu kullanıldı.

Çalışmada, hastalarda COVID-19 semptomunun olup olmadığı, yaş, cinsiyet ve altta yatan hastalık bilgileri hastane bilgi sisteminden alındı. COVID-19 PCR testi pozitif hastalar klinik bulgularına göre semptomatik ve asemptomatik olarak sınıflandırıldı. Semptomatik ve asemptomatik olarak kategorize edilen hastaların Ct ve CRP sonuçları istatistiksel olarak değerlendirildi. CRP için normal referans değer <5 mg/lt olarak alındı.

İstatistiksel Analiz

Sürekli değişkenlerin normallik kontrolü Shapiro Wilk testi ile yapıldı. Normal dağılıma uygunluk gösterenlerde bağımsız iki grup ortalaması karşılaştırmasında Student’ın t-testi kullanıldı. Normal dağılıma uygunluk göstermeyenlerde iki grup medyanı karşılaştırmasında Mann-Whitney U testi uygulandı. Kategorik verilerin analizinde ise ki-kare ve Fisher exact testi kullanıldı. Verilerin analizi SPSS 21 programında yapıldı. İstatistiksel anlamlılık düzeyi olarak p< 0.05 kabul edildi.

BULGULAR

Çalışmaya dahil edilen COVID-19 rRT-PCR testi pozitif 355 hastanın 237 (%66.7)’si semptomatik, 118 (%33.2)’i asemptomatik hastalardan oluşmaktadır. Hastaların 188 (%53)’i erkek 167 (%47)’si kadın olup semptomatik ve asemptomatik hasta grupları arasında cinsiyet dağılımları açısından istatistiksel bir fark saptanmamıştır (p= 0.912). Semptomatik hastaların yaş ortalaması (46.68 ± 18.03 [min-maks= 18-92]); asemptomatik hastaların yaş ortalamasından (38.27 ± 13.82 [min-maks= 19-80]) daha yüksek gözlenmiştir (p< 0.001). Hastalar yaş gruplarına göre değerlendirildiğinde 21-39 yaş arası hastalarda asemptomatik olanların oranı daha yüksekken, 65 yaş ve üstü hastalarda semptomatik olanların oranı daha yüksek tespit edilmiştir (p< 0.05) (Tablo 1). Hastaların 9 (%2.5)’u eksitus olmuştur ve enfeksiyonun mortal seyrettiği bu hastaların yaş ortalaması (71.88 ± 13.36) 65 yaş üzerinde bulunmuştur.

COVID-19 hastalarında komorbiditelere bakıldığında semptomatik hastalarda görülen komorbidite oranı (n= 69, %29.1), asemptomatik (n= 11, %9.3) hastalardan daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Semptomatik hastalarda en sık hipertansiyon (%12.2), diabetes mellitus (%9.7), kronik solunum hastalığı (%9.3) ve kardiyovasküler hastalıklar (%5.5) tespit edilmiştir. Ancak bunlardan hipertansiyon ve kronik solunum hastalığı semptomatik hastalarda istatistiksel olarak daha yüksek saptanmıştır (p< 0.05) (Tablo 1).

Semptomatik hastalarda kaydedilen bulgular sırasıyla; öksürük (%44.3), ateş (%39.2), dispne (%26.2), halsizlik (%25.3), boğaz ağrısı (%24.9) ve bunları takip eden baş ağrısı (%8.4), anosmi (%8.4), diyare (%7.6) ve miyalji (%4.6) şeklindedir (Tablo 2).


Tablo 1

Tablo 2

Çalışmada CRP sonucuna ulaşılan 303 hastanın 237’si semptomatik, 66’sı asemptomatik hastalardan oluşmaktadır. Semptomatik hastaların CRP medyan değeri 9.19 [2.84-30.8] asemptomatik hastalardan 2.1 [0.76-7.13] istatistiksel olarak daha yüksek tespit edilmiştir (p< 0.001) (Tablo 3). Referans değere göre incelendiğinde (yüksek CRP≥ 5 mg/It) semptomatik hastalarda CRP yüksekliği oranı (%64.6, n= 153/237), asemptomatik hastalardan (%27.3, n= 18/66) istatistiksel olarak daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001).


Tablo 3

Çalışmadaki 355 hasta örneğinin 145’i RdRp genini hedefleyen kit, 183’ü ORF1ab ve N genlerini hedefleyen çift kanallı kit, 27’si aynı genleri hedefleyen tek kanallı kit ile çalışılmıştır. Toplam Ct sonuçlarının değerlendirilmesinde çift kanallı kitin kullanıldığı hasta örneklerinde düşük Ct değeri veren kanal sonucuna göre analiz yapılmıştır. Buna göre Ct değeri medyanı asemptomatik hastalarda 26.34 [19.78-35.48], semptomatik hastalardan 21.77 [17.81-26.51] daha yüksek saptanmıştır (p< 0.001) (Tablo 3). Hedef genlerden elde edilen Ct değeri medyanlarına bakıldığında RdRp geni asemptomatik hastalarda 35.38 [25.55-37.23], semptomatik hastalardan 22.63 [18.69-29.44] daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Ancak ORF1ab ve N geni Ct değeri medyanlarında semptomatik (sırasıyla 20.46 [15.99-23.74] ve 22.66 [18.82-26.83]) ve asemptomatik (sırasıyla 19.8 [16.36-23.01] ve 23.97 [18.62-31.45]) hastalar arasında istatistiksel bir fark saptanmamıştır (p> 0.05).

TARTIŞMA

SARS-CoV-2’nin neden olduğu COVID-19 hastalığı, insanlarda geniş bir prognoz spektrumuna sahiptir. Çin’den bildirilen geniş ölçekli bir çalışmada asemptomatik enfeksiyon oranı %1 olmasına rağmen, bu oran farklı çalışmalarda %15.6 ile %74 arasında değişmektedir[11]-[13]. Semptomatik enfeksiyon oranlarının incelendiği 72314 olgu içeren çalışmada enfeksiyonların %81’inin hafif, %14’ünün şiddetli ve %5’inin kritik seyrettiği bildirilmiştir. Aynı çalışmada mortalite oranı %2.3 olarak bildirilmiş ancak bu oranın kritik olgularda %49’a çıktığı izlenmiştir[12]. Çalışmamızda COVID-19 PCR testi pozitif 355 hastanın 118 (%33.2)’i asemptomatik seyrederken 237 (%66.7)’sinde semptomatik hastalık gelişmiş ve bu hastaların 9 (%2.5)’u eksitus olmuştur.

COVID-19’lu hastaların semptom geliştirme olasılığının yaşla birlikte arttığı bildirilmiştir. İtalya’da yapılan çalışmada COVID-19’un semptomatik seyretme olasılığının 20 yaşın altında %18.6, 20-39 yaş arasında %26.28, 40-59 yaş arasında %37.75, 60-79 yaş arasında %40.91 ve 80 yaş üzerinde %66.9 olduğu tespit edilmiştir[11]. Ayrıca ileri yaş ve erkek cinsiyetin semptomatik COVID-19 hastalarında hastalığın şiddetli olma riskini arttırdığı bildirilmiştir[11],[14]-[16]. Çalışmamızda semptomatik ve asemptomatik hastaların cinsiyet dağılımları açısından istatistiksel bir fark saptanmamıştır (p= 0.912). Semptomatik hastaların yaş ortalaması, asemptomatik hastalardan daha yüksek gözlenmiştir (p< 0.001). Hastalar yaş gruplarına göre değerlendirildiğinde 21-39 yaş arasında asemptomatik enfeksiyon oranı daha yüksekken, 65 yaş ve üstü hastalarda semptomatik enfeksiyon oranı daha yüksek tespit edilmiştir (p< 0.05). Ayrıca mortal seyreden hastaların yaş ortalaması 65 yaş üstünde bulunmuştur. Bu sonuçlar COVID-19’un ileri yaşla birlikte semptomatik ve mortal seyretme riskinin arttığı bilgisini desteklemektedir.

COVID-19 hastalarında bulunan komorbiditeler ciddi hastalık gelişimi ile önemli ölçüde ilişkili bulunmuştur[14],[16]. İki meta-analiz çalışmasına göre COVID-19 hastalarında en yaygın görülen komorbiditeler; hipertansiyon (%18.6-21.1), kardiyovasküler hastalıklar (%8.4-14.4) ve diyabet (%9.7-11.9) olarak tespit edilmiştir. Bunları solunum sistemi hastalıkları ve maligniteler takip etmektedir[17],[18]. Çalışmamızda semptomatik hastalarda görülen komorbidite oranı (n= 69, %29.1), asemptomatik (n= 11, %9.3) hastalardan daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Semptomatik hastalarda en sık hipertansiyon (%12.2), diyabetes mellitus (%9.7), kronik solunum hastalığı (%9.3) ve kardiyovasküler hastalıklar (%5.5) tespit edilmiştir. Ancak bunlardan hipertansiyon ve kronik solunum hastalığı semptomatik hastalarda istatistiksel olarak daha yüksek saptanmıştır (p< 0.05). COVID-19 hastalarında kronik obstrüktif akciğer hastalığının (KOAH) 6.92 kat ve diğer akciğer hastalıklarının ise 4.45 kat şiddetli hastalık riski oluşturduğu bildirilmiştir14.

CRP seviyesinin semptomatik COVID-19 hastalarında, enfeksiyonun ilk aşamasında, BT bulgularından önce önemli ölçüde artış gösterdiği bildirilmiştir[9]. Bir meta-analiz çalışmasında semptomatik hastalarda CRP yüksekliği (%63) asemptomatik hastalardan (%19) daha yüksek saptanmıştır[16]. Ayrıca şiddetli COVID-19 hastalarında CRP 3.25 kat daha yüksek bulunmuş ve hafif semptomlu hastalarda şiddetli hastalık gelişiminin erken tanısına yardımcı olabileceği belirtilmiştir[9],[10],[14]. Çalışmamızda da semptomatik hastalarda CRP yüksekliği oranı (%64.6; n= 153/237), asemptomatik hastalardan (%27.3; n= 18/66) istatistiksel olarak daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001).

COVID-19 hastalarında rRT-PCR Ct değerinin hastalığın seyri ve şiddetine göre farklılık gösterdiği bildirilmiştir[6],[7]. COVID-19 tanısında ve taramasında kullanılan üst solunum yolu örneklerinde rRT-PCR ile en düşük Ct değerinin (en yüksek viral yük) ilk hafta elde edildiği gösterilmiştir[19]. Başvuru sırasında semptomları şiddetli olan vakalarda ortalama viral yükün hafif olgulara göre 60 kat daha yüksek olduğu ve şiddetli olgularda Ct değerinin ilk 12 gün düşük kaldığı tespit edilmiştir[6]. COVID-19 hastalarında PCR pozitifliğinin üç hafta içerisinde negatife döndüğü ancak pozitifliğin beş haftaya kadar devam ettiği olguların da görüldüğü bildirilmiştir[7],[8]. Ancak uzun süren PCR pozitifliği enfeksiyöz virüs varlığının göstergesi değildir, bunun için viral kültür yöntemlerine ihtiyaç vardır[1],[19]. İngiltere’de yapılan bir çalışmada semptomatik ve asemptomatik hastaların SARS-CoV-2 kültür pozitifliği oranlarında anlamlı bir fark saptanmamıştır[19]. Ancak Ct değeri ile kültür pozitifliği ilişkili bulunmuştur. Buna göre artan Ct değeri ile kültür pozitifliğinin azaldığı ve Ct değeri 35’in üzerinde çıktığında enfeksiyöz virüs olasılığının %8’e kadar düştüğü gösterilmiştir[19]. Ayrıca aynı çalışmada, enfeksiyonun onuncu gününden sonra, kültür pozitifliğinin %6.0’ya düştüğü bildirilmiştir. Çalışmaların çoğunda, şiddetli COVID-19 hastalığı olan olgularda, hafif semptomlu olgulara göre istatistiksel olarak daha düşük Ct değeri tespit edilmiştir[4]. Almanya’da yapılan bir çalışmada, E ve RdRp genleri Ct değeri, semptomatik hastalarda, asemptomatik hastalardan daha düşük tespit edilmiştir[20]. Ancak Kore’de yapılan iki farklı çalışmada, semptomatik ve asemptomatik hastalar arasında E, N ve RdRp genleri Ct değerinde istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır[21],[22]. Çalışmamızda Ct değeri medyanı asemptomatik hastalarda 26.34 [19.78-35.48], semptomatik hastalardan 21.77 [17.81-26.51] daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Hedef genlerden elde edilen Ct değeri medyanlarına bakıldığında RdRp geni asemptomatik hastalarda semptomatik hastalardan daha yüksek bulunmuştur (p< 0.001). Ancak ORF1ab ve N geni Ct değeri medyanlarında semptomatik ve asemptomatik hastalar arasında istatistiksel bir fark saptanmamıştır (p> 0.05).

Ct değeri örnekteki viral yükün dolaylı bir göstergesi olarak kabul edilse de RT-PCR yöntemindeki test ve reaksiyon dinamikleri, kullanılan kit, PCR cihazı, örnek tipi ve diğer faktörler de Ct değerini etkileyebilmektedir[4],[23]. Ancak Ct değerinin takip edilmesinin semptomatik ve asemptomatik hastalarda COVID-19 enfeksiyonun yönetilmesine yardımcı olabileceği düşünülmüştür.

Sonuç olarak çalışmada SARS-CoV-2 PCR pozitif hastaların ileri yaş ve komorbidite varlığında semptomatik seyrettiği görülmüştür. Hastaların hastaneye başvuru sırasındaki yüksek CRP değeri semptomatik hastalarda daha yüksek saptanmıştır. Viral yükün göstergesi olan Ct değerinin ise beklenildiği gibi semptomatik hastalarda daha düşük olduğu ortaya konmuştur. Ct değerlerinin COVID-19’lu hastaların klinik seyrini ve prognozunu takip etmede faydalı olabileceği düşünülmekle beraber klinik değerini kanıtlamak için daha ayrıntılı çalışmalara ihtiyaç vardır.

ETİK KURUL ONAYI

Bu çalışma için T.C. Sağlık Bakanlığı Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü Bilimsel Çalışma Platformu’ndan izin alındı (Karar No: Ülger-2020-06-15T14_00_52 ve Tarih: 18.06.2020) ve bu çalışma Mersin Üniversitesi Klinik Araştırmalar Etik Kurulu onayı ile gerçekleştirildi (Karar No: 2020/717 ve Tarih: 28.10.2020 ).

ÇIKAR ÇATIŞMASI

Yazarlar bu makale ile ilgili herhangi bir çıkar çatışması bildirmemişlerdir.

KAYNAKLAR

  1. Erensoy S. COVID-19 pandemisinde SARS-CoV-2 ve mikrobiyolojik tanı dinamikleri. Mikrobiyol Bul 2020; 54(3): 497-509.
  2. Bulut C, Kato Y. Epidemiology of COVID-19. Turk J Med Sci 2020; 50(SI-1): 563-70.
  3. Tang YW, Schmitz JE, Persing DH, Stratton CW. Laboratory diagnosis of COVID-19: current issues and challenges. J Clin Microbiol 2020; 58(6): e00512-20.
  4. Rao SN, Manissero D, Steele VR, Pareja J. A systematic review of the clinical utility of cycle threshold values in the context of COVID-19. Infect Dis Ther 2020; 9(3): 573-86.
  5. Tom MR, Mina MJ. To interpret the SARS-CoV-2 test, consider the cycle threshold value. Clin Infect Dis 2020; 71(16): 2252-54
  6. Liu Y, Yan LM, Wan L, Xiang TX, Le A, Liu JM, et al. Viral dynamics in mild and severe cases of COVID-19. Lancet Infect Dis 2020; 20(6): 656-7.
  7. Xiao AT, Tong YX, Zhang S. Profile of RT-PCR for SARS-CoV-2: a preliminary study from 56 COVID-19 patients. Clin Infect Dis 2020; 71(16): 2249-51.
  8. Xu K, Chen Y, Yuan J, Yi P, Ding C, Wu W, et al. Factors associated with prolonged viral RNA shedding in patients with COVID-19. Clin Infect Dis 2020; 71(15): 799-806.
  9. Tan C, Huang Y, Shi F, Tan K, Ma Q, Chen Y, et al. C-reactive protein correlates with computed tomographic findings and predicts severe COVID-19 early. J Med Virol 2020; 92(7): 856-62.
  10. Wang G, Wu C, Zhang Q, Wu F, Yu B, Lv J, et al. C-reactive protein level may predict the risk of COVID-19 aggravation. Open Forum Infect Dis 2020; 7(5): ofaa153.
  11. Poletti P, Tirani M, Cereda D, Trentini F, Guzzetta G, Sabatino G, et al. Probability of symptoms and critical disease after SARS-CoV-2 infection. arXiv 2020; 2006.08471.
  12. Wu Z, McGoogan JM. Characteristics of and important lessons from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak in China: summary of a report of 72 314 cases from the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA 2020; 323(13): 1239-42.
  13. He J, Guo Y, Mao R, Zhang J. Proportion of asymptomatic coronavirus disease 2019: a systematic review and meta-analysis. J Med Virol 2021; 93(2): 820-30.
  14. Wu X, Liu L, Jiao J, Yang L, Zhu B, Li X. Characterisation of clinical, laboratory and imaging factors related to mild vs. severe COVID-19 infection: a systematic review and meta-analysis. Ann Med 2020; 52(7): 334-44.
  15. Günal Ö, Türe E, Bayburtlu M, Arslan U, Demirağ MD, Taşkın MH, et al. COVID-19 tanılı hastaların risk faktörleri açısından değerlendirilmesi. Mikrobiyol Bul 2020; 54(4): 575-82.
  16. Borges do Nascimento IJ, von Groote TC, O’Mathúna DP, Abdulazeem HM, Henderson C, Jayarajah U, Weerasekara I, et al. Clinical, laboratory and radiological characteristics and outcomes of novel coronavirus (SARS-CoV-2) infection in humans: a systematic review and series of meta-analyses. PLOS One 2020; 15(9): e0239235.
  17. Yang J, Zheng Y, Gou X, Pu K, Chen Z, Guo Q, et al. Prevalence of comorbidities and its effects in patients infected with SARS-CoV-2: A systematic review and meta-analysis. Int J Infect Dis 2020; 94: 91-5.
  18. Rodriguez-Morales AJ, Cardona-Ospina JA, Gutiérrez-Ocampo E, Villamizar-Peña R, Holguin-Rivera Y, Escalera-Antezana JP, et al. Clinical, laboratory and imaging features of COVID-19: a systematic review and meta-analysis. Travel Med Infect Dis 2020; 34: 101623.
  19. Singanayagam A, Patel M, Charlett A, Lopez Bernal J, Saliba V, Ellis J, et al. Duration of infectiousness and correlation with RT-PCR cycle threshold values in cases of COVID-19, England, January to May 2020. Euro Surveill 2020; 25(32): 2001483.
  20. Schwierzeck V, König JC, Kühn J, Mellmann A, Correa-Martínez CL, Omran H, et al. First reported nosocomial outbreak of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) in a pediatric dialysis unit. Clin Infect Dis 2021; 72(2): 265-70.
  21. Lee S, Kim T, Lee E, Lee C, Kim H, Rhee H, et al. Clinical course and molecular viral shedding among asymptomatic and symptomatic patients with SARS-CoV-2 infection in a community treatment center in the Republic of Korea. JAMA Intern Med 2020; 180(11): 1-6.
  22. Ra SH, Lim JS, Kim GU, Kim MJ, Jung J, Kim SH. Upper respiratory viral load in asymptomatic individuals and mildly symptomatic patients with SARS-CoV-2 infection. Thorax 2021; 76(1): 61-3.
  23. Bustin SA, Mueller R. Real-time reverse transcription PCR (qRT-PCR) and its potential use in clinical diagnosis. Clin Sci (Lond) 2005; 109(4): 365-79.

İletişim (Correspondence):

Dr. Harun Gülbudak,

Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi,

Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı,

Çiftlikköy Kampüsü 33343 Yenişehir/Mersin, Türkiye.

Tel (Phone):+90 (324) 241 0000/22393,

E-posta (E-mail):harungulbudak@gmail.com

Yazdır