Yazdır

�zg�n �alışma/Original Article
Mikrobiyol Bul 2019; 53(2): 179-191

Otopsi Olgularında Viral Solunum Yolu Enfeksiyonu Etkenlerinin
Multipleks PCR Y�ntemi ile Araştırılması: Beş Yıllık Bir �alışma

Investigation of Viral Respiratory Tract Infection Agents by
Multiplex PCR Method in Autopsy Cases: A Five-Year Study

Nihan ZİYADE1, Neval ELG�RM�Ş1, Erdoğan KARA2, Ferah KARAYEL3

1 İstanbul Adli Tıp Kurumu, Postmortem Mikrobiyoloji Laboratuvarı, İstanbul.

1 Council of Forensic Medicine, Postmortem Microbiology Laboratory, Istanbul, Turkey.

2 İstanbul Adli Tıp Kurumu, Otopsi Şubesi, İstanbul.

2 Council of Forensic Medicine, Autopsy Unit, Istanbul, Turkey.

3 İstanbul Adli Tıp Kurumu, Histopatoloji Şubesi, İstanbul.

3 Council of Forensic Medicine, Histopathology Unit, Istanbul, Turkey.

�Z

Viral solunum yolu enfeksiyonları, �ocuk ve erişkinlerde �nemli morbidite ve mortalite nedenleri arasında ilk sıralarda yer almaktadır. Mortaliteye neden olan enfeksiyonların tanısına postmortem incelemelerin dahil edilmesi, yeni patojenlerin belirlenmesinde, tedavi ve �nleme stratejilerinin geliştirilmesinde yarar sağlayabilir. Bu �alışmanın amacı, solunum yolu enfeksiyonu d�ş�n�len otopsi olgularında multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) y�ntemi ile viral etiyolojinin araştırılması, histopatolojik bulgularla birlikte, tespit edilen vir�slerin ger�ek enfeksiyon etkeni olup olmadığı ve �l�m sebebine katkısını değerlendirmektir. Bu �alışmada, Ocak 2013-Mayıs 2017 tarihleri arasında otopsi yapılan olgulardan solunum yolu enfeksiyonu ş�phesi olan erişkinler ile bebek-�ocuk yaş grubunu kapsayan ani �l�m olguları değerlendirilmiştir. Toplam 834 olgunun 468 (%56.1)'i erkek, 366 (%43.9)'sı kadın olup; 0-1 ay arasında 191 (%22.9), 1 ay-18 yaş arasında 593 (%71.1), > 18 yaş grubunda 50 (%6) olgu incelenmiştir. T�m olguların 728 (%87.3)'inde postmortem alınan nazofarengeal/trakeal s�r�nt� �rnekleri, 106 (%12.7)'sında parafine g�m�l� akciğer dokusu �rnekleri multipleks ger�ek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Rt-PCR) y�ntemi ile incelenmiştir. Postmortem �rnekler; insan rinovir�s� (HRV), parainfluenza vir�sler (PIV) (1, 2, 3, 4), influenza vir�s tip A ve B (INF-A, INF-B), enterovir�s (EV), insan bokavir�s� (HBoV), adenovir�s (AdV), insan koronavir�sleri (HCoV 229, 63, HKU, 43), insan metapn�movir�s� A ve B (HMPV-A/B), parekovir�s (PV), solunum sinsityal vir�s� (RSV A/B) ve Mycoplasma pneumoniae varlığı a�ısından araştırılmıştır. Multipleks Rt-PCR y�ntemi ile "FTD Respiratory 21 (Fast-track Diagnostics, Luxemburg)" kiti kullanılarak �retici firmanın �nerileri doğrultusunda Rotor Gene (Qiagen, Almanya) cihazında amplifiye edilmiştir. �alışmada olguların 379 (%45.4)'unda Rt-PCR ile en az bir solunum vir�s� saptanırken, 455 (%54.6)'inde herhangi bir viral etken saptanmamıştır. Olguların 278 (%33.3)'inde bir viral etken pozitif saptanırken, 83 (%9.94) olguda iki viral etken, 18 (%2.16) olguda da �� viral etken pozitif olarak saptanmıştır. Olguların t�m�nde ilk sırada HRV 110 (%13.2), ikinci sırada AdV 39 (%4.7), ���nc� sırada ise RSV A/B 33 (%4) olgu ile en sık saptanan viral etkenler olmuştur. �ocuk olgularda solunum vir�slerinin pozitiflik oranı %31.8, erişkin grupta ise %20 olarak tespit edilmiştir (p= 0.032). �ocuklarda en sık HRV saptanırken, erişkinlerde en sık saptanan patojen INF-A olmuştur. Olguların 101 (%12.1)'inde iki veya ��l� etken enfeksiyonları tespit edilmiştir. İkili etken enfeksiyon oranı 0-1 ay yaş grubunda %2.6 (5/191), 1 ay-18 yaş grubunda %13 (77/593), > 18 yaş grubunda ise %2 (1/50) oranında saptanmıştır. İkili etken ile gelişen enfeksiyonlarda HRV ve INF-B, HRV ve PIV, HRV ve HBoV, HRV ve AdV birlikteliği sırasıyla en sık g�r�lm�şt�r. ��l� etken enfeksiyonlarının tamamı 1 ay-18 yaş grubunda [%3 (18/593)] tespit edilmiştir. �alışmamızda akciğer dokularının postmortem histopatolojik incelemesinde 318 (%38.1) olguda enfeksiyon bulgusu saptanmazken, en sık saptanan bulgular 233 (%28) olguda lob�ler pn�moni, p�r�lan bronşit ve 168 (%20.1) olguda interstisyel pn�moni olarak saptanmıştır. Olguların tamamı enfeksiyon a�ısından değerlendirildiğinde 469 (%56.2) olguda enfeksiyon lehine bulgu tespit edilmiştir. Sonu� olarak; solunum yolu enfeksiyonu d�ş�n�len olguların otopsi ve histopatolojik incelemelerle birlikte postmortem mikrobiyolojik incelemelerinin de yapılması, �l�me neden olan enfeksiyon etkenlerinin tespit edilmesini sağlayacaktır.

Anahtar kelimeler: Solunum yolu enfeksiyonu; multipleks PCR; solunum vir�sleri; postmortem tanı.

ABSTRACT

Viral respiratory infections are one of the leading causes of morbidity and mortality, especially in children, elderly and immunocompromised patients. The inclusion of post-mortem studies to diagnose the infection causing mortality could be beneficial in specifying new pathogens and determining strategies for treatment and prevention. The aim of this study was to research viral etiology by applying multiplex real-time polymerase chain reaction (Rt-PCR) method in autopsy cases who have been considered to have a respiratory infection and to assess whether the viruses detected are the primary cause of the infection and whether they have any contributory effect on the mortality together with histopathological evidence. In this study, we included a total of 834 cases consisting of sudden death cases from infantile-pediatric age group and autopsy cases from > 18 year age group with suspected respiratory tract infection in our laboratory between January 2013 and May 2017. Of 834 cases, 468 (56.1%) were male and 366 (43.9%) were female, there were 191 (22.9%) cases between 0-1 months, 593 (71.1%) cases between 1 month-18 years, and 50 (6%) cases in the > 18 years age group. In 728 of 834 (87.3%) cases nasopharyngeal/tracheal swab samples and in 106 (12.7%) of them paraffin-embedded lung tissue samples were studied by the use of "FTD Respiratory 21 (Fast-Tract Diagnostics Luxemburg)" kit, with multiplex Rt-PCR method. The post-mortem samples were evaluated for human rhinovirus (HRV), parainfluenza viruses (PIV) (1, 2, 3, 4), influenza virus type A and B (INF-A, INF-B), enterovirus (EV), human bocavirus (HBoV), adenovirus (AdV), human coronavirus (HCoV 229,63,HKU,43), human metapneumovirus A ve B (HMPV-A/B), parechovirus, respiratory syncytial virus (RSV A/B) and Mycoplasma pneumoniae. In our study, at least one respiratory virus was detected by Rt-PCR in 379 (45.4%) of total 834 cases, whereas no viral agent was identified in 455 (54.6%) of the cases. One viral agent was detected in 278 (33.3%), two viral agents were detected in 83 (9.94%) and three viral agents were detected in 18 (2.16%) cases. Overall, the most common viral agent was HRV 110 (13.2%) followed by AdV 39 (4.7%) and RSV A/B 33 (4%). In pediatric cases the rate of positive results for respiratory viruses was 31.8% and in adult group it was 20% (p= 0.032). The most common virus detected among children was HRV and INF-A in adult group. In 101 (12.1%) cases infections caused by two or three agents were diagnosed. Infections with two causative agents were detected as 2.6% (5/191) in 0-1 month age group, 13% (77/593) in 1 month-18 year age group and 2% (1/50) in > 18 age group. The most frequently observed co-infections with double causative agents were HRV and INF-B, HRV and PIV, HRV and HBoV, HRV and AdV combinations. Infections with three causative agents were detected completely among 1 month-18 year age [3% (18/593)] group. In our study, 318 (38.1%) cases had no signs of infection in the postmortem histopathological examination of the lung tissues, while the most common finding was lobular pneumonia/purulent bronchitis in 233 (28%) cases and the second was interstitial pneumonia in 168 (20.1%) cases. When all cases were evaluated in terms of infection, positive results were detected in 469 (56.2%) cases. As a result; postmortem microbiological diagnosis with autopsy and histopathological detection of the patients who are thought to have respiratory tract infection will also determine the infectious agents causing death.

Keywords: Respiratory tract infections; multiplex PCR; respiratory viruses; post-mortem diagnosis.

Geliş Tarihi (Received): 16.11.2018 - Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 06.02.2019

GİRİŞ

Akut solunum yolu enfeksiyonları, t�m d�nyada �nemli bir halk sağlığı problemidir ve her yaştan insanda enfeksiyon hastalıklarına bağlı mortalite ve morbiditenin en �nemli nedenleri arasındadır1. Solunum yolu enfeksiyonları (SYE)'nın d�nya genelinde 2-6 milyondan fazla �l�me neden olduğu ve bu enfeksiyonların en sık beşinci �l�m nedenini oluşturduğu ortaya konmuştur1. G�n�m�zde erişkinlerde toplum k�kenli pn�monilerin %50'sinin, pediatrik yaş grubunda bronşiyolit ve pn�monilerin %15-35'inin etkeni hala saptanamamaktadır2.

�l�m olgularının doğru incelenmesi ve postmortem �rneklerin uygun mikrobiyolojik y�ntemlerle test edilmesi, ciddi bulaşıcı enfeksiyonların etkisini değerlendirmek a�ısından �nemlidir. Bu incelemelerle premortem d�nemde ş�phelenilmeyen enfeksiyonlar tespit edilebilmektedir. Ayrıca otopsilerden elde edilen veriler yeni ve mevcut antemortem tanı y�ntemlerini geliştirmeye de yardımcı olabilir. Bazı akciğer enfeksiyonlarında �zellikle de mantar veya vir�slerin neden olduğu enfeksiyonların antemortem tanısında ş�phelenilse bile etkenin k�lt�rde �retilmesi zordur. Otopsi, postmortem muayenenin �zg�ll�ğ�n�n artması nedeniyle altta yatan enfeksiyonu saptamada �nemli patojenlerin pn�moni etiyolojisine katkısının daha doğru tahmin edilmesine de olanak sağlamaktadır3.

Viral ve fungal patojenleri tanımlamak i�in dondurulmuş veya formalinle sabitlenmiş, parafine g�m�l� dokulardan in situ veya ekstraksiyon sonucu yapılan polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) teknikleri molek�ler tanı testleri olarak uygulanmaktadır4,5. Benzer şekilde, postmortem d�nemde klinik �rneklerin molek�ler analizi de tanıda giderek daha fazla kullanılmaktadır6. 16s rRNA dizi analizi ile patojen tanımlanması veya postmortem �rnekler �zerinde multipleks PCR kullanılarak viral etkenlerin tanımlanması, �l�m nedenini ve/veya antemortem tanıyı doğrulamak i�in de kullanılabilmektedir7.

Bu �alışmada, bebek ve �ocuk yaş grubunu i�eren beklenmedik �l�m olgularından ve enfeksiyon ş�phesi olan erişkin otopsilerden g�nderilen nazofarengeal/trakeal s�r�nt� �rnekleri ile histopatolojik incelemede SYE ş�phesi olan olguların parafine g�m�l� akciğer dokuları multipleks PCR y�ntemi ile incelenmiştir. �alışmada SYE d�ş�n�len otopsi olgularında multipleks PCR y�ntemi ile viral etiyolojinin araştırılması, histopatolojik bulgularla birlikte, tespit edilen vir�slerin ger�ek enfeksiyon etkeni olup olmadığı ve �l�m nedenine katkısının değerlendirilmesi ama�lanmıştır.

GERE� ve Y�NTEM

Bu �alışma, T.C. Adalet Bakanlığı Adli Tıp Kurum Başkanlığı Bilim Kurulu Etik Kurul onayı ile ger�ekleştirildi (Tarih: 03.09.2013 ve Karar no: B.03.1.ATK.0.01.00.08/518).

Olgular ve Postmortem �rnekler

Ocak 2013-Mayıs 2017 tarihleri arasında SYE ş�phesi olan olgular ile bebek ve �ocuk yaş grubunda ani �l�m ger�ekleşen olgulardan otopsi sonucu alınan ve Adli Tıp Kurumu Postmortem Mikrobiyoloji Laboratuvarına g�nderilen 834 �rnek �alışma kapsamına alındı. Bu olgulardan histopatolojik incelemesinde SYE ş�phesi olan 106 (%12.7) olgunun parafine g�m�l� akciğer dokularından alınan kesitler ile 728 (%87.3) olgudan otopsi sırasında dakron ek�vyonla alınan nazofarengeal/trakeal s�r�nt� �rnekleri viral taşıma besiyeri olan "universal transport medium (UTM) (Copan Diagnostics, İtalya)" kiti i�inde soğuk zincir kurallarına uyularak birka� saat i�inde laboratuvara ulaştırıldı. Laboratuvar testleri uygulanıncaya kadar nazofarengeal/trakeal s�r�nt� �rnekleri -70�C'de saklandı.

Mikrobiyolojik Değerlendirme

Nazofarengeal/trakeal s�r�nt� �rnekleri ve parafine g�m�l� akciğer dokusu �rneklerinde solunum yolu patojenlerini [insan rinovir�s (HRV), parainfluenza vir�sler (PIV) (1, 2, 3, 4), influenza vir�s tip A ve B (INF-A, INF-B), enterovir�s (EV), insan bokavir�s� (HBoV), adenovir�s (AdV), insan koronavir�sleri (HCoV 229, 63, HKU, 43), insan metapn�movir�s� A ve B (HMPV-A/B), parekovir�s (PV), solunum sinsityal vir�s� (RSV A/ B) ve Mycoplasma pneumoniae] belirlemek i�in multipleks Rt-PCR y�ntemi uygulandı. N�kleik asitler "QIAsymphony DSP Virus/Pathogen midi" kiti kullanılarak QIAsymphony (Qiagen/Almanya) cihazında ekstrakte edildi. "FTD Respiratory 21 (Fast-track Diagnostics, L�ksemburg)" kiti kullanılarak multipleks Rt-PCR y�ntemi ile �retici firmanın �nerileri doğrultusunda Rotor Gene (Qiagen, Almanya) cihazında amplifiye edildi8.

Ayrıca formalinle fikse edilmiş t�m parafine g�m�l� akciğer dokularından n�kleik asitler ekstrakte edildi. Her bloğun �� veya d�rt adet 10 mm kalınlığındaki kesiti bir mikrotom vasıtasıyla kesildi. Parafine g�m�l� akciğer dokularına, ksilen ve etil alkol deparafinizasyon prosed�r� uygulandı. Ardından 24 saat s�reyle 20 ml proteinaz K ve 600 ml ATL tampon ��zeltisi eklenerek ink�be edildi9.

İstatistiksel Analiz

İstatistiksel veri analizi i�in SPSS 20.0 programı kullanıldı. Veriler arasında karşılaştırma yaparken ki-kare testlerinden (Pearson Chi-Square ve Fisher's Exact) yararlanıldı. İstatistiksel olarak p değeri < 0.05 olan sonu�lar anlamlı kabul edildi.

BULGULAR

�alışmaya alınan 834 olgunun 468 (%56.1)'i erkek, 366 (%43.9)'sı kadın olgulardan oluşmuştur. Olguların yaş dağılımı 0-1 ay (yenidoğan), 1 ay-18 yaş ve > 18 yaş (erişkin) olarak �� gruba ayrılarak değerlendirilmiştir. Yaş grupları ve cinsiyet dağılımları Tablo I'de g�sterilmiştir.


Tablo I

Solunum vir�sleri toplam 834 olgunun 379 (%45.4)'unda pozitif, 455 (%54.6) 'inde ise negatif bulunmuştur. Olguların 278 (%33.3)'inde bir, 83 (%9.94)'�nde iki, 18 (%2.16)'inde �� viral etken pozitif olarak saptanmıştır. �oklu etken bulunan �rneklerin %94'� 1 ay-18 yaş arasındaki olgu grubuna, %4.9'u erişkin yaş grubuna, %1.1'i de 0-1 ay arası yenidoğan grubuna ait bulunmuştur. Solunum vir�slerinin dağılımı Tablo II'de g�sterilmiştir. Yaş gruplarına g�re saptanan solunum vir�slerinin dağılımı da Tablo III'te �zetlenmiştir.


Tablo II

Tablo III

En sık saptanan viral etkenler sırasıyla, 110 (%13.2) olgu ile HRV, 39 (%4.7) olgu ile AdV, 33 (%4) olgu ile RSV A/B olarak tespit edilmiştir.

T�m olguların 784 (%94)'�n�n 0-18 yaş arası �ocuk yaş grubunda, 50 (%6) olgunun ise erişkin yaş grubunda yer aldığı g�zlenmiştir. �ocuk olguların %31.8'inde, erişkin olguların %20'sinde en az bir solunum vir�s� pozitifliği saptanmıştır. �ocuklarda erişkin olgulara g�re viral solunum yolu patojenleri ile enfekte olma oranı istatistiksel olarak anlamlı şekilde y�ksek bulunmuştur (p= 0.032). �ocuklarda en sık etken olarak HRV [%15.7 (93/593)] saptanırken, erişkinlerde en sık saptanan patojen INF-A vir�s� [%6 (3/50)] olmuştur.

Akciğer dokusunun postmortem histopatolojik incelemesinde en sık saptanan bulgular 233 (%28) olguda saptanan lob�ler pn�moni/p�r�lan bronşit ve 168 (%20.1) olguda saptanan interstisyel pn�moni olmuştur. Erken d�nem lob�ler pn�moni saptanan 46 olgu da ilk grup i�erisinde değerlendirilmiştir. Toplamda 318 (%38.1) olguda enfeksiyon bulgusu saptanmamıştır. Diğer histopatolojik bulgular Tablo IV'te g�sterilmiştir.


Tablo IV

TARTIŞMA

Solunum yolu enfeksiyonları (SYE), �ocukluk �ağında en sık ge�irilen ve en �ok �l�me neden olan enfeksiyon hastalıklarıdır ve SYE'lerin %80-90'ında vir�sler etken olarak g�zlenmektedir10,11. Solunum yolu vir�slerinin tanısında h�cre k�lt�r�, hızlı antijen testleri, serolojik testler ve n�kleik asit amplifikasyon y�ntemleri kullanılmaktadır. Viral k�lt�r altın standart y�ntemdir ancak son yıllarda yapılan �alışmalarda n�kleik asit amplifikasyon testlerinin duyarlılık ve �zg�ll�kleri geleneksel y�ntemlerden daha �st�n bulunmuştur. Multipleks PCR y�ntemi ile bir veya birden fazla solunum vir�s�n� eş zamanlı saptamak m�mk�n olmaktadır12,13. Bu �alışmada, SYE d�ş�n�len otopsi olgularının, postmortem �rneklerinden multipleks PCR ile etiyolojinin araştırılması planlanmıştır.

Ak�alı ve arkadaşları14 �ocuklarda viral solunum yolu etkenlerinin araştırıldığı 160 olgu ile yaptıkları araştırmalarında, olguların 67 (%41.8)'sinde PCR ile en az bir etken a�ısından pozitif sonu� saptamışlardır. RSV (%61.2) en sık saptanan vir�s olup, bunu %35.8 ile rinovir�sler izlemiştir. Do ve arkadaşları15 Hollanda'da yaptıkları �alışmalarında, 309 �ocuktan alınan �rneğin %72'sini multipleks PCR y�ntemiyle pozitif bulmuşlar, RSV'yi 73 (%24) �rnekte en sık etken olarak saptamışlardır. Brezilya'da beş yaş altı 407 �ocukta aynı y�ntemle yapılan bir diğer �alışmada ise �rneklerin %85.5'inde viral patojen saptanmış olup, hastaların %37'sinde en sık saptanan vir�s RSV olmuştur16. Bizim �alışmamızda da multipleks PCR ile 379 (%45.4) olguda en az bir viral etken pozitifliği saptanmıştır. İnsan rinovir�s� (HRV) 110 (%13.2) olguda en fazla saptanan etken olmuştur. Klinik �alışmalardan farklı olarak bizim �alışmamızda HRV daha fazla saptanmıştır. �alışmamızda olgu grubu oluşturulurken postmortem mikrobiyolojik �rnekleme protokol� �rnek alınmıştır17. Bu protokole g�re bebeklik ve �ocukluk d�nemine ait beklenmedik �l�mler (klinik belirtisi olan ve olmayan) ile SYE ş�phesi olan erişkin olgulardan alınan postmortem �rnekler �alışmaya dahil edilmiştir. Bu nedenle de alınan ilk gruptaki �l�mlerin sebebinin hepsini SYE'lerin oluşturmayacağı g�z �n�nde bulundurulursa, olguların bir kısmında saptanan HRV'nin asemptomatik taşıyıcılık nedeniyle saptandığı d�ş�n�lm�şt�r. Bununla birlikte, HRV uzun s�redir hafif �st SYE'lere neden olan benign bir vir�s olarak kabul edilmesine rağmen, HRV'nin akut SYE'lerde ve daha ciddi anlamda bronşiyolit etkeni olduğuna dair �alışmalar bulunmakta, ancak pn�moni etkeni olarak rol� hen�z tam olarak kanıtlanmamıştır18-20. T�rkiye'de SYE olan �ocuklarda tespit edilen viral etkenlerin klinik sonu�larının �zetlendiği, 143 olgunun yer aldığı bir �alışmada; HRV ve RSV'nin etken olduğu hastalıkların şiddetinin diğer vir�slerden daha y�ksek olduğu ve HRV'nin de alt SYE'ler ile ilişkili olduğu g�sterilmiştir21. Ayrıca son yıllarda yapılan �alışmalar HRV-C'nin yeni genotipi ile g�r�len enfeksiyonlarının, �st solunum yolu semptomları ile birlikte daha sıklıkla bronşit, bronşiyolit ve pn�moni ile ilişkili olduğunu g�stermektedir22. �alışmamızda da HRV saptanan 110 olgu akciğerdeki histopatolojik bulguları ile birlikte değerlendirildiğinde, 41 (%37.3) olguda enfeksiyon lehine bulgu saptanmazken, 35 (%31.8) olguda interstisyel pn�moni, 29 (%26.4) olguda lob�ler pn�moni, p�r�lan bronşit, 3 (%2.7) olguda interstisyel pn�moni �zerine eklenmiş bakteriyel enfeksiyon, 1 (%0.9) olguda neonatal pn�moni, 1 (%0.9) olguda da allerjik bronşit, bronşiyolit tespit edilmiştir. HRV saptanan 110 olgunun 69 (%62.7)'unda enfeksiyon lehine bulgu saptandığı g�z �n�nde bulundurulduğunda bizim �alışmamızın da son literat�r� desteklediği sonucuna varılmıştır (Resim 1).


Resim 1

�alışmamızda, olguların 101 (%12.1)'inde iki veya �� solunum vir�s�n�n etken olduğu �oklu enfeksiyon etkenleri g�r�lm�şt�r (Tablo III). On dokuz farklı merkez verilerinin değerlendirildiği bir �alışmada ko-enfeksiyon oranlarının %5-62 arasında değiştiği; en sık RSV'ye rastlandığı ve RSV'ye en sık eşlik eden vir�slerin AdV, HBoV ve INF-A olduğu g�sterilmiştir23. Bizim �alışmamızda, ikili etken saptanan enfeksiyonlarda en fazla HRV + INF-B, HRV + PIV, HRV + HBoV ve HRV + AdV birlikteliği g�r�lm�şt�r. ��l� etken enfeksiyonlarda ise spesifik bir birliktelik g�zlenmemiştir. Bununla birlikte, tekli enfeksiyona g�re daha fazla oranda ikili ve ��l� enfeksiyonlarda yer alan vir�s�n HBoV olduğu saptanmıştır. T�rkiye'de solunum yolu vir�slerinin prevalansının 12 yıllık bulgularının değerlendirildiği bir �alışmada da bizim bulgularımıza benzer sonu�lar saptanmış ve �alışmamızda saptanan ko-enfeksiyon g�r�lme sıklığı �lkemizde yapılan diğer klinik �alışmaların sonu�larıyla benzer olarak bulunmuştur14,24.

Viral etkenler �ocukların bir kısmında doğrudan enfeksiyona ve �l�me neden olabildiği gibi bakteriyel kolonizasyona ve buna bağlı sekonder enfeksiyonlara da neden olabilmektedir. Gelişmekte olan �lkelerde viral pn�monilere bağlı �l�m oranı %1-7.3 iken, bakteriyel pn�monilerde bu oran %10-14, karma enfeksiyonlarda ise %16-18 olarak bildirilmektedir25. �ocuklarda ani �l�m�n ortalama %50'sinde (�alışmalara g�re bu oran %15-86 arasında değişmektedir) enfeksiy�z bir etken olduğu saptanmıştır. Bu enfeksiyonlar genellikle solunum sistemi ile ilgili olarak tespit edilmiştir26-28. �alışmamızda da 834 olgunun 784 (%94)'� �ocuk yaş grubundadır ve bu olguların %31.8'inde en az bir solunum yolu vir�s� pozitif olarak saptanmıştır. Elde edilen bu sonu� diğer �alışmaları destekler niteliktedir. �ocuklar ve erişkinlerin viral solunum yolu patojenleri ile enfekte olma sıklığına g�re karşılaştırma yapıldığında, �ocuklarda saptanan pozitif sonu� sıklığı istatistiksel olarak anlamlı derecede (p= 0.032) y�ksek bulunmuştur. �ocuklarda HRV en �ok g�zlenen etken olarak saptanırken, erişkinlerde INF-A vir�s� en sık saptanan patojen olmuştur. Yapılan �alışmalarda pediatrik yaş grubunda solunum yolu vir�slerinin pozitif saptanma oranlarının %30 ila %96 arasında değiştiği g�zlenmiştir23. Vir�s kaynaklı SYE'ler �ocuk yaş grubunda erişkinlere g�re iki �� kat daha fazla g�r�lmektedir.

Yapılan postmortem araştırmalarda SYE viral etiyolojisi, olguların %20-48'inde tespit edilmektedir29,30. Bizim �alışmamızda da saptanan oran (%45.4) yapılan �alışmalara benzer olarak bulunmuştur.

Histolojik veya mikrobiyolojik tanıyla ilgili olası bir problem, bir mikroorganizmanın (�zellikle karışık bir enfeksiyonda) saptanmasının, hastalığın veya �l�m�n doğrudan etkeni olduğu anlamına gelmemesi durumunda g�zlenmektedir. �rneğin, gripte başlıca �l�m genellikle sekonder piyojenik bakteriyel pn�moni nedeniyle olmaktadır31. Bununla birlikte, hastalığın histolojik bulgularının mikrobiyolojik sonu�larla ilişkilendirildiği ikili bir yaklaşım, neden-sonu� ilişkisini g��lendirecektir. �alışmamızda akciğer dokularının postmortem histopatolojik incelemesinde 318 (%38.1) olguda enfeksiyon bulgusu saptanmazken, en sık saptanan bulgulardan ilki 233 (%28) olguda lob�ler pn�moni, p�r�lan bronşitken, ikinci sırada saptanan bulgu 168 (%20.1) olguda interstisyel pn�moni olmuştur. Olguların 38 (%4.5)'inde interstisyel pn�moni �zerine eklenmiş bakteriyel enfeksiyon, 27 (%3.2)'sinde neonatal pn�moni, 3 (%0.4) olguda allerjik bronşit, bronşiyolit tespit edilmiştir. Olguların tamamı enfeksiyon a�ısından değerlendirildiğinde 469 (%56.2) olguda enfeksiyon lehine bulgu tespit edilmiştir. Ayrıca en az bir viral etken saptanan 379 olgunun otopsi raporları değerlendirildiğinde 160 (%42.2)'ında �l�m sebebi olarak akciğer enfeksiyonu ya da buna bağlı gelişen komplikasyonlar sebebiyle �l�m�n meydana gelmiş olabileceği sonucuna varılmıştır. Postmortem mikrobiyolojik incelemelerin, histopatolojik verilerle birlikte değerlendirilmesinin �l�m sebebine b�y�k oranda katkısı olduğunu d�ş�nmekteyiz.

Başka bir nedenle �len �ocuklarda sıklıkla viral hastalıklar saptanabildiği gibi aniden �len �ocuklarda vir�s�n saptanması, mutlaka bu viral hastalıktan dolayı �ld�kleri anlamına gelmemektedir. �l�m ve viral hastalık arasındaki ilişki mutlaka otopsi, histolojik mikroskobik inceleme ve virolojik testlerde yapılan makroskobik incelemeyi de i�eren standart multidisipliner yaklaşım gerektirmektedir32,33. �l�mle sonu�lanan, SYE olan olgularda yapılan postmortem incelemeler, �l�mc�l SYE'nin nedenlerini anlamamızı sağlamaktadır. Antemortem mikrobiyolojinin başarısız olduğu veya yapılamadığı durumlarda otopsi �rneği, etken patojenin k�lt�r, histoloji veya PCR teknikleriyle kesin bir şekilde teşhis edilmesine olanak sağlayacaktır3. SYE olan kişilerin akciğer dokusunun postmortem incelenmesi, �l�mden �nce tanı konulamamış olgularda tanı koymak veya kesin olmayan antemortem tanıyı doğrulamak i�in bir şans sunmaktadır3.

Sonu� olarak, otopsi, mikrobiyolojik ve histopatolojik incelemelerle birlikte postmortem solunum yolu viral enfeksiyonlarının tanısının sistematik olarak değerlendirilmesi olduk�a yararlı g�r�nmektedir. Her ne kadar postmortem tanı t�m olgularda �l�m nedenlerini ortaya �ıkarmasa da, elde edilen bilgiler, �l�mc�l hastalığı olan pop�lasyon i�inde bulunan patojenleri tanımlayarak ileride solunum yollarından kaynaklanan �l�mlerin �nlenmesine yardımcı olacaktır.

�IKAR �ATIŞMASI

Yazarlar bu makale ile ilgili herhangi bir �ıkar �atışması bildirmemişlerdir.

KAYNAKLAR

  1. HGBD 2013 Mortality and Causes of Death Collaborators. Global, regional, and national age-sex specific all-cause and cause-specific mortality for 240 causes of death, 1990-2013: a systematic analysis for the Global Burden of Disease Study 2013. Lancet 2015;385(9963):117-71.
  2. Hamelin ME, Abed Y, Boivin G. Human metapneumovirus: a new player among respiratory viruses. Clin Infect Dis 2004;38(7):983-90.
  3. Turner GD, Bunthi C, Wonodi CB, Morpeth SC, Molyneux CS, Zaki SR, et al. The role of postmortem studies in pneumonia etiology research. Clin Infect Dis 2012;54(Suppl 2):165-71.
  4. Denison AM, Blau DM, Jost HA, Jones T, Rollin D, Gao R, et al. Diagnosis of influenza from respiratory autopsy tissues detection of virus by real-time reverse transcription-PCR in 222 cases. J Mol Diagn 2011;13(2):123-8.
  5. Mun�oz-Cadavid C, Rudd S, Zaki SR, Patel M, Moser SA, Brandt ME, et al. Improving molecular detection of fungal DNA in formalin-fixed paraffin-embedded tissues:comparison of five tissue DNA extraction methods using panfungal PCR. J Clin Microbiol 2010;48(6):2147-53.
  6. Muldrew KL. Molecular diagnostics of infectious diseases. Curr Opin Pediatr 2009;21(1):102-11.
  7. Rogers GB, Carroll MP, Bruce KD. Studying bacterial infections through culture-independent approaches. J Med Microbiol 2009;58(Pt 11):1401-18.
  8. Diagnosis of Infections Caused by Viruses, Chlamydia, Rickettsia and Related Organisms. Chapter 23. In: Procop GW, Church DL, Hall GS, Janda WM, Koneman EW, Schreckenberger PC et al. Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology. Wolters Kluwer, 6th Edition, 2017. p.1500-87.
  9. Chan PKS, Chan DPC, To K-F, Yu MY, Cheung JLK, Cheng AF. Evaluation of extraction methods from paraffin wax embedded tissues for PCR amplification of human and viral DNA. J Clin Pathol 2001;54:401-3.
  10. Yılmaz G, Uzel N, Işık N, Uğur S, Aslan S, Badur S. Akut alt solunum yolu infeksiyonu olan �ocuklarda viral etkenler ve respiratory syncytial vir�s alt grupları. İnfek Derg 2000;14(2):157-64.
  11. Akşit S. Acute respiratory tract infections-1. STED 2002;11(4):132-5.
  12. Bellau-Pujol S, Vabret A, Legrand L, Dina J, Gouarin S, Petitjean-Lecherbonnier J, et al. Development of three multiplex RT-PCR assays for the detection of 12 respiratory RNA viruses. J Virol Methods 2005;126(1-2):53-63.
  13. Coiras M T, Aguilar JC, Garcia ML, Casas I, Perez-Brena P. Simultaneous detection of fourteen respiratory viruses in clinical specimens by two multiplex reverse transcription nested-PCR assays. J Med Virol 2004;72(3):484-95.
  14. Ak�alı S, Yılmaz N, G�ler �, Şanlıdağ T, Anıl M. Alt solunum yolu enfeksiyonu olan �ocuklarda solunum yolu viral etkenlerinin sıklığı. T�rk Ped Arş 2013;215-20.
  15. Do AH, van Doorn HR, Nghiem MN, Bryant JE, Hoang TH, Do QH, et al. Viral etiologies of acute respiratory infections among hospitalized Vietnamese children in Ho Chi Minh City, 2004-2008. PLoS One 2011;6(3):18176.
  16. Bezerra PG, Britto MC, Correia JB, Duarte Mdo C, Fonceca AM, Rose K, et al. Viral and atypical bacterial detection in acute respiratory infection in children under five years. PLoS One 2011;6(4):18928.
  17. Fernandez-Rodriguez A, Cohen MC, Lucena J, Van de Voorde W, Angelini A, Ziyade N, et al. How to optimise the yield of forensic and clinical post-mortem microbiology with an adequate sampling: a proposal for standardisation. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2015;34(5):1045-57.
  18. Papadopoulos NG, Bates PJ, Bardin PG, Papi A, Leir SH, Fraenkel DJ, et al. Rhinoviruses infect the lower airways. J Infect Dis 2000;181(6):1875-84.
  19. Richard N, Komurian-Pradel F, Javouhey E, Perret M, Rajoharison A, Bagnaud A, et al. The impact of dual viral infection in infants admitted to a pediatric intensive care unit associated with severe bronchiolitis. Pediatr Infect Dis J 2008;27(3):213-7.
  20. Broberg E, Niemela J, Lahti E, Hyypia T, Ruuskanen O, Waris M. Human rhinovirus C--associated severe pneumonia in a neonate. J Clin Virol 2011;51(1):79-82.
  21. Bicer S, Giray T, C�l D, Erdag GC, Vitrinel A, G�rol Y, et al. Virological and clinical characterizations of respiratory infections in hospitalized children. Ital J Pediatr 2013;39:22.
  22. Renwick N, Schweiger B, Kapoor V, Liu Z, Villari J, Bullmann R, et al. A recently identified rhinovirus genotype is associated with severe respiratory-tract infection in children in Germany. J Infect Dis 2007;196(12):1754-60.
  23. Goka EA, Vallely PJ, Mutton KJ, Klapper PE. Single and multiple respiratory virus infections and severity of respiratory disease: a systematic review. Paediatr Respir Rev 2014;15(4):363-7.
  24. �i�ek C, Arslan A, Karakuş HS, Yalaz M, Saz EU, Pulluk�u H, et al. Prevalence and seasonal distribution of respiratory viruses in patients with acute respiratory tract infections, 2002-2014. Mikrobiyol Bul 2015;49(2):188-200.
  25. Simoes EAF, Cherian T, Chow J, Shahid-Salles SA, Laxminarayan R, John TJ. Acute respiratory ınfections in children. In: Jamison DT, Breman JG, Measham AR, (eds). Disease control priorities in developing countries. 2nd ed. 2006, World Bank,Washington (DC).
  26. Eisenstein EM, Haklai Z, Schwartz S, Klar A, Stein N, Kerem E. Investigation of unexplained infant deaths in Jerusalem, Israel 1996-2003. Arch Dis Child 2007;92(8):697-9.
  27. Sadler DW, Nakano R. The value of a thorough protocol in the investigation of sudden infant deaths. J Clin Pathol 1998;51(9):689-94.
  28. Vennemann MM, Bajanowski T, Butterfass-Bahloul T, Sauerland C, Jorch G, Brinkmann B, et al. Do risk factors differ between explained sudden unexpected death in infancy and sudden infant death syndrome? Arch Dis Child 2007;92(2):133-6.
  29. An SF, Gould S, Keeling JW, Fleming KA. Role of respiratory viral infection in SIDS: detection of viral nucleic acid by in situ hybridization. J Pathol 1993;171(4):271-8.
  30. Bajanowski T, Rolf B, Jorch G, Brinkmann B. Detection of RNA viruses in sudden infant death (SID). Int J Legal Med 2003;117(4):237-40.
  31. Morens DM, Taubenberger JK, Fauci AS. Predominant role of bacterial pneumonia as a cause of death in pandemic influenza: implications for pandemic influenza preparedness. J Infect Dis 2008;198(7):962-70.
  32. Desmons A, Terrade C, Boulagnon C, Giusti D, Nguyen Y, Andreoletti L, et al. Post-mortem diagnosis, of cytomegalovirus and varicella zoster virus co-infection by combined histology and tissue molecular biology, in a sudden unexplained infant death. J Clin Virol 2013;58(2):486-9.
  33. la Grange H, Verster J, Dempers JJ, de Beer C. Review of immunological and virological aspects as contributory factors in sudden unexpected death in infancy (SUDI). Forensic Sci Int 2014; 245:12-6.

İletişim (Correspondence):

Uzm. Dr. Nihan Ziyade,

İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığı,

Postmortem Mikrobiyoloji Laboratuvarı,

Bah�elievler, İstanbul, T�rkiye.

Tel (Phone): +90 212 454 15 00,

E-posta (E-mail): nihanziyade@gmail.com

Yazdır