Yazdır

İnsan Kaynaklı Brucella İzolatlarının Tanımlama ve Tiplendirmesinde Konvansiyonel Yöntemler ile
Gerçek Zamanlı Multipleks Polimeraz Zincir Reaksiyonunun Karşılaştırılması*

Comparison of Conventional Methods and Real-Time Multiplex Polymerase Chain Reaction for
Identification and Typing of Brucella Isolates of Human Origin

Ayşe ÇEREKCİ1, Selçuk KILIÇ2, Mehmet BAYRAKTAR3, M. Hamidullah UYANIK4, Ekrem YAŞAR5,
Berrin ESEN2

1 Kahramanmaraş Devlet Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Kahramanmaraş.

1 Kahramanmaras State Hospital, Microbiology Laboratory, Kahramanmaras, Turkey.

2 Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı, Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü, Ankara.

2 Refik Saydam National Public Health Agency, Department of Communicable Diseases Research, Ankara, Turkey.

3 Harran Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Şanlıurfa.

3 Harran University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Sanliurfa, Turkey.

4 Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Erzurum.

4 Atatürk University Faculty of Medicine, Department of Medical Microbiology, Erzurum, Turkey.

5 Diyarbakır Çocuk Hastalıkları Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı, Diyarbakır.

5 Diyarbakir Pediatric Hospital, Microbiology Laboratory, Diyarbakir, Turkey.

* Bu çalışma, ilk yazarın Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğünde yaptığı uzmanlık tez çalışmasıdır.

ÖZET

Bruselloz tüm dünyada yaygın olarak görülen zoonotik bir hastalıktır ve endemik olarak görüldüğü ülkemizde önemli bir halk sağlığı sorunu olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, 2001-2007 yılları arasında Doğu Anadolu, Güneydoğu Anadolu ve Akdeniz Bölgesinde bruselloz tanısı almış hastaların klinik örneklerden izole edilen 187 Brucella suşunun konvansiyonel yöntemler ile tür/biyovarlarının saptanması amaçlanmış ve konvansiyonel yöntemlere alternatif olabilecek multipleks-gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (M-RT-PCR) yönteminin performansı değerlendirilmiştir. Suşların CO2 gereksinimi, H2S üretimi, üreaz aktivitesi, tiyonin ve bazik fuksin boyalarına duyarlılığı, Tbilisi ve Berkeley fajı ile lizis ve A ve M monovalan antiserumları ile aglütinasyon reaksiyonları değerlendirilerek tür tayini ve biyotiplendirilmesi yapılmıştır. Konvansiyonel yöntemler ile Brucella suşlarının tamamı Brucella melitensis biyovar 3 olarak tanımlanmıştır. M-RT-PCR yönteminde bcsp31 geni ve Brucella genomundaki IS711 elementinin özgül insersiyon bölgeleri hedef olarak seçilmiş; cins düzeyinde tanımlama amacıyla 31 kDa büyüklüğündeki proteini kodlayan bcsp31 genini amplifiye etmek için primer ve prob seti kullanılmıştır. Brucella abortus için alkB genindeki ve B.melitensis için BMEI1162 genindeki insersiyon dizisine (IS711) özgül primer ve problar seçilmiştir. M-RT-PCR yöntemi ile de suşların tamamı B.melitensis olarak saptanmıştır. M-RT-PCR yönteminin sonuçları, referans yöntem olarak kabul edilen konvansiyonel biyotiplendirme ile %100 uyumlu olarak bulunmuştur. Yüksek duyarlılığı nedeniyle M-RT-PCR yöntemi, bakteri yükünün az olduğu klinik örneklerde de etkenin hızlı olarak saptanması ve tür ayırımının yapılmasında yararlı bir araç olabilir. Sonuçlarımız, bu bölgelerde insan brusellozunda en önemli etkenin B.melitensis biyovar 3 olduğunu ve M-RT-PCR yönteminin Brucella tiplendirilmesinde önemli bir uygulama alanı bulabileceğini göstermektedir.

Anahtar sözcükler: Bruselloz; Brucella spp.; biyotiplendirme; multipleks RT-PCR; Türkiye.

ABSTRACT

Brucellosis which is a worldwide zoonotic disease, still constitutes a major public health problem in rural areas of Turkey. The aim of the present study was to evaluate the species and biovar distribution of 187 presumptive Brucella strains isolated from patients inhabiting at the provinces in Eastern, South Eastern and Mediterranean regions over a 7-years period (from 2001 to 2007) and to compare multiplex real-time-polymerase chain reaction (M-RT-PCR) and conventional biotyping for the differentiation of three Brucella species. The isolates were identified at genus level by conventional microbiological methods and classified using the classical Brucella species biotyping scheme based on CO2 requirement for growth, urease activity, H2S production, sensitivity to basic fuchsin and thionin (20 and 40 µg/ml), lysis by Tbilisi and Berkeley phages, and agglutination with monospecific antisera for A and M antigens. All Brucella isolates were identified as Brucella melitensis biovar 3. M-RT-PCR assay targeted bcsp31 gene and the specific integration of IS711 elements within the genome of the respective Brucella species. For the identification of Brucella spp. the primers and probes which targeted the bcsp31 gene were used. The Brucella abortus primers and probe set targeted the specific insertion of an IS711 element downstream of the alkB gene, whereas the B.melitensis primers and probe set targeted the insertion of an IS711 element downstream of BMEI1162. M-RT-PCR results were found to be 100% compatible with the reference conventional typing methods. Due to its high sensitivity, the M-RT-PCR assay could be a valuable tool for the rapid detection and differentiation of Brucella species in clinical samples which usually have very low bacterial load. These findings indicated that B.melitensis biovar 3 was by far the most frequent species for human brucellosis in these specific regions of Turkey and multiplex-RT-PCR seemed to be promising in the detection and differentiation of Brucella species.

Key words: Brucellosis; Brucella spp; biotyping; multiplex RT-PCR; Turkey.

Geliş Tarihi (Received): 31.01.2011 • Kabul Ediliş Tarihi (Accepted): 22.02.2011

GİRİŞ

Bruselloz, birçok organ ve dokuyu etkileyen sistemik bir enfeksiyondur. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) verilerine göre bruselloz dünyada en sık rastlanan bakteriyel zoonozdur ve her yıl yaklaşık 500.000 yeni olgu bildirilmektedir1,2. Ülkemizde bruselloz, endemik bir enfeksiyon olup Sağlık Bakanlığı verilerine göre 1970 yılında 37 olarak bildirilen olgu sayısı (0.1/100.000) giderek artış göstermiş ve 2004 yılında 18.563 (25.6/100.000) olgu saptanmıştır. Son yıllarda, hayvanların yoğun olarak aşılanması, enfekte hayvanların izolasyon ve eliminasyonu, hayvan hareketlerinin kontrolü ve toplumun eğitimi sonucu bildirilen olgu sayısında belirgin bir azalma (2009 yılında 10.224 olgu; insidans 13.5/100.000) gözlenmektedir3.

Brucella cinsi; belirgin konak özellikleri gösteren Brucella abortus (sığır), Brucella melitensis (koyun ve keçi), Brucella ovis (koç), Brucella canis (köpek), Brucella suis (domuz), Brucella neotomae (çöl faresi), Brucella ceti ve Brucella pinnipedialis (deniz memelileri), Brucella microti (kırmızı tilki, tarla faresi) ile Brucella inopinata (meme implantından izole edilmiş) olarak adlandırılan 10 tür içermektedir1,4,5,6,7,8. Brucella türleri fenotipik ve antijenik özelliklerine göre biyovar (bv)/biyotiplere ayrılmaktadır. B.melitensis'in üç, B.abortus'un yedi, B.suis'in beş biyovarı bulunurken diğer türlerin ise birer biyovarı bulunmaktadır. Brucella türlerinde konak özgüllüğü kesin olmayıp, çapraz enfeksiyonlar (örn. sığırlarda B.melitensis ve B.suis enfeksiyonu gibi) görülebilir1,4,9. İnsanlarda görülen bruselloz olgularının çoğundan B.melitensis, B.abortus ve B.suis türleri sorumlu olup, insan için en patojen tür olan B.melitensis, daha şiddetli klinik tablolara ve komplikasyonlara neden olmaktadır ve daha çok gıda kaynaklı enfeksiyonlarla ilişkilidir1,3,10,11,12.

Brusellozda kesin tanı, etkenin klinik örneklerden izolasyonu ile konulmaktadır. Ancak bakterinin yavaş üremesine bağlı olarak sonuçların geç alınması, özellikle kronik olgularda etkenin çoğunlukla izole edilememesi ve laboratuvar kaynaklı enfeksiyon gelişme riski nedeniyle, tanıda serolojik testler en yaygın olarak kullanılan yöntemdir1,3,9,12. Son yıllarda polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), konvansiyonel yöntemlere göre daha erken ve güvenilir sonuçlar vermesi ve etkenle direkt teması azaltarak laboratuvar kaynaklı enfeksiyonları engellemesi nedeniyle günümüzde konvansiyonel yöntemlerin yerini almaya başlamıştır13,14.

Epidemiyolojik ve klinik olarak bruselloz ile uyumlu olguların kültür veya serolojik testler ile doğrulanması brusellozda tedaviye başlamak için yeterlidir. Buna karşın, enfeksiyon zincirinde rol alan hayvanların saptanması, kontrol önlemlerinin alınabilmesi, eradikasyon programlarının hazırlanması ve uygulanması için hakim olan Brucella tür ve biyovarlarının belirlenmesi büyük önem taşımaktadır1,15,16. Bu çalışmada, Brucella suşlarının tür tayininde son dönemde kullanılmaya başlanan; daha kısa sürede, daha güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçların alındığı, klinik örneklerden etkenin direkt tanımlanabildiği multipleks gerçek zamanlı PCR (M-RT-PCR) yöntemi ile klasik biyotiplendirme yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır.

GEREÇ ve YÖNTEM

Brucella Suşları

Çalışmaya, 2001-2007 yılları arasında Malatya İnönü Üniversitesi Turgut Özal Tıp Merkezi (102 izolat), Erzurum Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi (43 izolat), Başkent Üniversitesi Adana Bölge Hastanesi (16 izolat) ve Diyarbakır Çocuk Hastalıkları Hastanesi (26 izolat)'nde bruselloz ön tanılı olgulardan (97'si erkek, 90'ı kadın) izole edilerek kurumumuza tür/biyovar tayini için gönderilen toplam 187 Brucella suşu alındı.

Tür ve Biyotip Tanısında Kullanılan Yöntemler

Klinik izolatların cins düzeyinde tanımlanması amacıyla, konvansiyonel yöntemler [koloni morfolojisi, Gram boyama, üreme özellikleri, akriflavin (Sigma-A 8126, 1/1000'lik solüsyon) testi, oksidaz, katalaz, hareket, indol, MR, Voges-Proskauer testi, sitrat, nitrat redüksiyonu, jelatin hidrolizi gibi biyokimyasal reaksiyonlar], anti-Brucella poliklonal serum ile lam aglütinasyonu ve 31 kDa B.abortus proteinini hedef alan B4/B5 primerlerinin kullanıldığı PCR yöntemi uygulandı17. Brucella spp. olarak tanımlanan izolatlar; CO2 gereksinimi, H2S üretimi, Christensen's üre agar ve Rustagian-Stuart üre buyyondaki üreaz aktivitesi, 20 µg/ml ve 40 µg/ml konsantrasyonda bazik fuksin (Sigma-B 0904, ABD) ve tiyonin (Merck, Almanya) içeren besiyerinde üreme (boya duyarlılık testi), Tbilisi (Tb) ve Berkeley (Bk) fajı ile lizis ve monovalan A ve M antiserumlarıyla aglütinasyon testlerini içeren klasik biyotiplendirme şeması kullanılarak tiplendirildi16.

B.melitensis (bv 1: 16M, ATCC 23456; bv 2: 63/9, NCTC 10508; bv 3: Ether, NCTC 10505), B.abortus (bv 1: 544, ATCC 23448; bv 2: 86/8/59 (NCTC 10501); bv 3: Tulya, ATCC 23448), B.suis 1330 bv 1 (NCTC 10316) ve B.melitensis Rev-1 referans suşları tür ve biyotip tayininde kontrol suşları olarak kullanıldı.

M-RT-PCR Yöntemi

Suşların cins ve tür düzeyinde moleküler tanımlamasında; Brucella spp., B.melitensis ve B.abortus'u aynı anda tek bir tüpte tanımlayabilen M-RT-PCR yöntemi modifiye edilerek uygulandı17.

Çalışmaya alınan tüm suşlar serum-dekstroz-agar (SDA) besiyerine ekilerek 48 saat %5 CO2'li ortamda 35°C'de inkübe edildi. Bakteriye ait DNA, Heliosis DNA ekstraksiyon modülü (Metis Biyoteknoloji, Ankara) kullanılarak elde edildi. Elde edilen DNA'lardan, Brucella spp.'nin tanımlanması için bcsp31 gen (GenBank, NM20404) bölgesi, B.melitensis için IS711 elementi BMEI1162 (GenBank, NC003317) ve B.abortus için ise alkB genine özgün IS711 (GenBank, AF148682) yönelik primer dizileri ve TaqMan probları (TaqMan, Palo Alto, ABD) kullanıldı. Bu çalışmada kullanılan B.melitensis ve B.abortus'un ters primerleri aynı iken (IS711), ileri primerleri farklı olarak tasarlandı. Ülkemizde bugüne kadar B.abortus ve B.melitensis türleri tanımlandığı için sadece bu türlere yönelik primer dizileri seçildi.

PCR amplifikasyonu Probert ve arkadaşları17 tarafından tarif edilen protokol üzerinde bazı modifikasyonlar yapılarak gerçekleştirildi. M-RT-PCR LightCycler® FastStart DNA Master HybProbe (Roche Diagnostics, Almanya), 1.5 mM MgCl2 (Roche Diagnostics, Almanya), ileri primer (3 nM) (Sigma-Genosys, ABD), ters primer (100 nM), her bir probtan 100 nM içeren 16 µl multipleks PCR reaksiyon karışımına 4 µl template eklenerek LightCycler 480 PCR cihazında (Roche Diagnostics, Almanya) amplifiye edildi. Amplifikasyon basamakları; 95°C'de 10 dakika denatürasyonu takiben, 95°C'de 15 saniye, 60°C bir dakikadan oluşan 45 döngü şeklinde uygulandı. Sonuçlar LightCycler 480 analiz programında her prob için uygun olan dalga boyunda logaritmik floresan sinyal artışının varlığı veya yokluğuna göre analiz edildi. Her çalışmaya en az bir pozitif kontrol ve DNA içermeyen negatif kontrol eklendi.

BULGULAR

Çalışmaya alınan toplam 187 Brucella suşu, kan (n= 170), kemik iliği (n= 11), beyin-omurilik sıvısı (BOS) (n= 3) ve plevral sıvı (n= 3) kültürlerinden izole edilmiştir. Bruselloz ön tanılı olguların, Doğu Anadolu (127 izolat), Güneydoğu Anadolu (48 izolat) ve Akdeniz (12 izolat) bölgesinde yer alan 20 ilde yaşadıkları saptanmıştır.

İzolatların kanlı agar ve SDA'ya yapılan pasajlarındaki koloni morfolojileri, akriflavin solüsyonu ile aglütinasyon özelliklerine bakılarak değerlendirilmiş ve hepsinin S tipi koloni olduğu gözlenmiştir. SDA yatık besiyerlerine ekilen bakterilerin hem aerobik hem de %5 CO2'li ortamda 48 saat inkübasyon sonunda üreme (koloni sayısı) açısından bir farklılık göstermemesi, suşların üreme için CO2'e gereksinim duymadığını ortaya koymuştur. SDA yatık tüp besiyerlerine yerleştirilen ve her gün değiştirilen kurşun asetatlı kağıt şeritlerde ilk 24 saat sonunda siyah renk oluşumu gözlenmezken, suşların bir kısmında ikinci günden sonra çok az miktarda siyah renk değişikliği gözlenmiştir. Christensen's üre agara ve Rustagian-Stuart üre buyyona ekilen tüm suşlarda en erken 90. dakikada olmakla beraber çoğunluğunda iki ile dördüncü saatten sonra magenta (fuşya) renk oluşumu saptanmıştır.

Çalışmaya alınan tüm suşların, tiyonin ve bazik fuksinin 20 µg/ml (1/50.000) ve 40 µg/ml (1/25.000) konsantrasyonlarında hazırlanan boyalı besiyerlerinde üremesi nedeniyle her iki boyaya karşı dirençli oldukları saptanmıştır. Çalışmada kullanılan Tb ve Bk fajlarının rutin test dilüsyonları (RTD) 10-4 olarak bulunmuştur. İzolatların hiçbirisi Tb fajının RTD ile lizise uğramamış; ancak Bk fajının RTD'de suşların litik patern gösterdikleri saptanmıştır. Bu sonuçlara göre suşların hepsi sadece Berkeley fajı ile lize olan B.melitensis olarak değerlendirilmiştir. Üreme için CO2'li ortama gereksinim duymaması, ilk 24 saatte H2S üretmemesi, ikinci saatten sonra pozitifleşen üreaz aktivitesi, boyalı besiyerlerinde üreyebilmesi, Tb fajı ile lize olmaması nedeniyle tüm izolatlar B.melitensis olarak tanımlanmıştır. İzolatların tümü A ve M antiserumlarının her ikisiyle de bir dakika içerisinde aglütinasyon reaksiyonu vermiş ve bu sonuçlara göre suşların tümü B.melitensis biyovar 3 olarak değerlendirilmiştir.

Çalışmamızda uygulanan M-RT-PCR sonuçlarının değerlendirmesi sonunda, tüm izolatlar B.melitensis olarak saptanmıştır.

TARTIŞMA

Primer olarak koyun ve keçilerde enfeksiyona neden olan B.melitensis, Akdeniz ülkeleri, Orta Doğu, Afrika, Orta ve Güney Amerika ve Hindistan'da brusellozun en sık etkenidir1,2,10,11. Sığırlarda ve diğer büyük baş hayvanlarda enfeksiyon oluşturan B.abortus ise dünya genelinde özel bir coğrafi dağılım göstermemektedir. Ülkemizde yapılan çalışmalarda; çeşitli bölgelerden insan izolatları arasında predominant olan türün B.melitensis (344/357; %96) olduğu, B.abortus'a nadiren rastlandığı (7/357; %2), B.melitensis suşlarının %90.5'inin biyovar 3 ve %9.5'inin biyovar 1 olduğu ve insanlarda B.melitensis biyovar 2'ye hiç rastlanmadığı bildirilmektedir18,19,20,21,22,23,24,25,26,27. Bizim çalışmamızda, Doğu Anadolu, Güneydoğu Anadolu ve Akdeniz bölgelerindeki illerde yaşayan brusellozlu olgulardan izole edilen 187 Brucella suşunun tamamı konvansiyonel yöntemlerle B.melitensis biyovar 3 olarak tiplendirilmiş, M-RT-PCR ile de tüm izolatlar B.melitensis olarak tanımlanmıştır. Bu çalışmadan elde edilen veriler ülkemizde yapılan diğer biyotiplendirme çalışmalarının sonuçları ile uyumlu olarak bulunmuştur. Ülkemizde hem insan hem de koyun atıklarında en sık B.melitensis biyovar 3 ve daha az oranda B.melitensis biyovar 1 saptanması, koyun-keçi brusellozunun insan enfeksiyonu için ana kaynak olduğunu göstermektedir27,28. İnsanlarda B.abortus'a bağlı enfeksiyonların daha az görülmesi ise, ülkemizde büyük baş hayvanlardaki brusellozun tazminat ödemeyi gerektiren bir hastalık olması nedeniyle bu hayvanların eliminasyonu ve dolayısıyla B.abortus enfeksiyonunun az olmasına bağlı olabilir28.

Brucella türlerinin tanımlanması ve biyotiplendirilmesi, kontrol ve eradikasyon programlarının hazırlanması, bölge veya ülke düzeyinde hakim olan tür/biyotiplerin belirlenmesi, yeni biyotiplerin saptanması ve aşı suşlarının takibi açısından önemlidir1,15,16,25,29. Klasik biyotiplendirme işlemlerinin yalnızca referans merkezlerde uygulanabilmesi, deneyimli elemana ihtiyaç göstermesi, zaman alıcı olması, bazı suşların standart şemalara uymaması ve laboratuvar kaynaklı enfeksiyon riski nedeniyle, son yıllarda Brucella suşlarının tür/biyovar tayini amacıyla moleküler yöntemler kullanılmaya başlamıştır13,14,17,30. Bu amaçla RFLP analizi ve AMOS-PCR (abortus melitensis ovis suis) gibi çeşitli teknikler denenmiş, ancak karşılaşılan sorunlar nedeniyle çok fazla kullanım alanı bulamamıştır31,32,33. Buna karşın, gerçek zamanlı PCR (RT-PCR) yönteminin kullanıldığı tiplendirme çalışmalarında daha başarılı sonuçlar alınmış ve konvansiyonel tanı yöntemleriyle karşılaştırıldığında RT-PCR yönteminin duyarlılık ve özgüllüğü %100 olarak bulunmuştur32,34,35. Ancak yine de RT-PCR yönteminin multipleks formatında olmaması, en az üç aşama gerektirmesi nedeniyle zaman alıcı ve tekrarlanabilirliğinin düşük olması, yöntemin dezavantajı olarak belirtilmiştir. 2004 yılında Probert ve arkadaşları17 Brucella spp., B.melitensis ve B.abortus'u aynı anda tek bir testte tespit edebilen M-RT-PCR yöntemini geliştirmişlerdir. Bu yöntemin, Brucella spp., B.melitensis ve B.abortus izolatlarının tanımlanmasındaki duyarlılıkları sırasıyla %100, %92 ve %100; özgüllükleri ise %100, %100 ve %97.9 olarak saptanmıştır17. Bizim çalışmamızda da, Brucella izolatlarının tür düzeyinde tanımlanmasında bu araştırıcıların tarif ettiği yöntem modifiye edilerek kullanılmış ve M-RT-PCR ile alınan sonuçlar, referans olarak kabul edilen konvansiyonel yöntemlerin sonuçları ile %100 uyumlu bulunmuştur. Ek olarak M-RT-PCR yönteminin, sonuç alınması için en az altı gün gerektiren konvansiyonel testlere göre çok daha hızlı olması da en önemli avantajı olarak değerlendirilmiştir.

Brucella türlerinin ve biyotiplerinin tayini amacıyla uygulanan klasik tanımlama şemasında; üreme özellikleri (CO2 gereksinimi), biyokimyasal testler (H2S üretimi, üreaz aktivitesi), tiyonin ve bazik fuksin boyaları ve faj duyarlılığı ile S tipi Brucella suşlarının lipopolisakkarid (LPS) yapıdaki hücre yüzey antijenleri olan A ve M antijenlerinin monovalan antiserumlarla saptanması (serovar tayini) yer almaktadır. Monospesifik antiserumlar ile aglütinasyon dışındaki parametreler ile B.abortus (Bv3 dışındaki tüm biyovarlar) ve B.suis'in tüm biyovarları saptanabilirken, B.melitensis ancak tür düzeyinde tanımlanabilmektedir. B.melitensis biyovarlarının ayırımı sadece S-LPS'deki O-yan zincirinde eksprese edilen A ve M antijenlerinin varlığına ve dağılımındaki farklılıklara dayanmaktadır. Bu nedenle B.melitensis için biyovar yerine serovarların tespiti söz konusudur1,4,12,16,30. Ülkemiz gibi B.melitensis'in brusellozun ana etkeni olduğu bölgelerde, M-RT-PCR yöntemiyle kısa sürede (2-3 saat) tür ayırımının yapılması ve B.melitensis olarak saptanan suşlarda monospesifik antiserumlar kullanılarak yapılan aglütinasyon testi ile B.melitensis biyovar/serovarların saptanması daha uygun bir yöntem olarak görünmektedir.

Brusellozun endemik olarak görüldüğü ülkemizde tiplendirme çalışmalarının yapılması, Ulusal Halk Sağlığı Enstitüsü olarak çalışmakta olan Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı referans merkezinin görev tanımı içinde yer almakta olup, bu amaçla kullanılacak yöntemlerin insan gücü, test maliyeti ve doğruluğu açısından değerlendirilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada elde ettiğimiz ilk sonuçlar, standardize edilmiş bir M-RT-PCR yönteminin etken DNA'sının kısa sürede saptanması, laboratuvar çalışanlarında bulaş riskinin diğer yöntemlere göre az olması, testin yüksek duyarlılık ve özgüllüğe sahip olması nedeniyle Brucella tür tayininde önemli bir uygulama alanı bulacağını düşündürmektedir. M-RT-PCR yönteminin direkt olarak klinik örneklerde uygulanabilme potansiyeline karşın, sonuçların izolatlardan elde edilen sonuçlarla aynı olmayabileceği göz önünde bulundurulmalıdır. Dolayısıyla M-RT-PCR yönteminin klinik örneklerde değerlendirilmesi için ek çalışmalara gereksinim vardır.

TEŞEKKÜR

Çalışmada kullanılan suşların sağlanmasında emeği geçen Başkent Üniversitesi Adana Bölge Hastanesinde çalışan Doç. Dr. Hikmet Alışkan'a ve RT-PCR çalışmalarının yürütülmesinde verdikleri teknik destekten dolayı Uzm. Dr. Serdar Tuncer ile Bio Tülin Beşer'e (Metis Biyoteknoloji, Ankara) teşekkür ederiz.

KAYNAKLAR

  1. Food and Agriculture Organization of the United Nations, World Organization for Animal Health, and World Health Organization. Brucellosis in human and animals. 2006, World Health Organization, Geneva. WHO/CDS/EPR/2006.7.
  2. Pappas G, Papadimitriou P, Akritidis N. The new global map of human brucellosis. Lancet Infect Dis 2006; 6(2): 91-9. [Özet]
  3. T.C. Sağlık Bakanlığı, Temel Sağlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü, Zoonotik Hastalıklar Daire Başkanlığı. Bruselloz verileri. http://www.saglik.gov.tr/TR/istatistik/2006/tablo31.htm, http://sbu.saglik.gov.tr/Ekutuphane/kitaplar/Zoonotik%20 Hastaliklar%20Katilimci%20Kitabi.pdf
  4. Lindoquist D, Chu MC, Probert WS. Francisella and Brucella, pp: 815-23. In: Murray PR, Baron EJ, Jorgensen JH, Landry ML, Pfaller MA (eds), Manual of Clinical Microbiology. 2007, 9th ed. Washington, DC.
  5. Foster G, Osterman BS, Godfroid J, Jacques I, Cloeckaert A. Brucella ceti sp. nov., and Brucella pinnipedialis sp. nov. for Brucella strains with cetaceans and seals as their preferred hosts. Int J Syst Evol Microbiol 2007; 57(Pt 11): 2688-93. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  6. Scholz HC, Hubalek Z, Sedlacek I, et al. Brucella microti sp. nov. isolated from the common vole Microtus arvalis. Int J Syst Evol Microbiol 2008; 58(2): 375-82. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  7. Scholz HC, Nöckler K, Göllner C, et al. Brucella inopinata sp. nov. isolated from a breast implant infection. Int J Syst Evol Microbiol 2010; 60(4): 801-8. [Özet]
  8. Brew SD, Perrett LL, Stack JA, MacMillan AP, Staunton NJ. Human exposure to Brucella recovered from a sea mammal. Vet Rec 1999; 144(17): 483.
  9. Pappas G, Akritidis N, Bosilkovski M, Tsianos E. Brucellosis. N Engl J Med 2005; 352(22): 2325-36.
  10. Colmenero JD, Reguera JM, Martos F, et al. Complications associated with Brucella melitensis infection: a study of 530 cases. Medicine (Baltimore) 1996; 75(4): 195-211. [Özet]
  11. Godfroid J, Cloeckaert A, Liautard JP, et al. From the discovery of the Malta fever's agent to the discovery of a marine mammal reservoir, brucellosis has continuously been a re-emerging zoonosis. Vet Res 2005; 36(1): 13-25. [Özet]
  12. Young EJ. Brucella species, pp: 2669-74. In: Mandell GL, Bennett JE, Dolin R (eds), Principles and Practice of Infectious Diseases. 2005, 6th ed. Churchill Livingstone, New York.
  13. Navarro E, Casao MA, Solera J. Diagnosis of human brucellosis using PCR. Expert Rev Mol Diagn 2004; 4(1): 115-23. [Özet] [PDF]
  14. Bricker BJ. PCR as a diagnostic tool for brucellosis. Vet Microbiol 2002; 90(1-4): 435-46. [Özet]
  15. Corbel MJ. Brucellosis: an overview. Emerg Infect Dis 1997; 3(2): 213-21. [Özet] [PDF]
  16. Alton GG, Jones LM, Angus RD, Verger JM. Techniques for the brucellosis laboratory, pp: 28-36. 1988. Institut National de la recherche Agronomique (INRA), Paris.
  17. Probert WS, Schrader KN, Khuong NY, Bystrom SL, Graves MH. Real-time multiplex PCR assay for detection of Brucella spp., B.abortus and B.melitensis. J Clin Microbiol 2004; 42(3): 1290-3. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  18. Özkurt Z, Kaya A, Taşyaran MA, Yılmaz Ş. Bruselloz tanısında standart tüp aglütinasyon test, kan ve kemik iliği kültürlerinin tanı değerlerinin karşılaştırılması. İnfeksiyon Derg 2000; 14(4): 463-8. [Özet] [Tam Metin] [PDF]
  19. Bolca Z, Gündeş S, Erdenliğ S ve ark. İnsan kaynaklı Brucella türü mikroorganizmaların tiplendirilmesi amacı ile uygulanan metodların karşılaştırılması ve biyotipleri ile faj tipleri arasındaki ilişkinin irdelenmesi. FLORA 2002; 7(3): 157-70. [Özet]
  20. Baykam N, Esener H, Kılıç S ve ark. Brucella suşlarının tiplendirilmesi ve demografik özellikler ile klinik tabloya etkisinin değerlendirilmesi. XXX. Türk Mikrobiyoloji Kongresi. 30 Eylül - 05 Ekim 2002, Antalya. Kongre Özet Kitabı, P01-83.
  21. Bodur H, Balaban N, Aksaray S, et al. Biotypes and antimicrobial susceptibilities of Brucella isolates. Scand J Infect Dis 2003; 35(5): 337-8. [Özet]
  22. Kuloglu F, Erdenlig S, Akata F, Tansel O, Gürcan S, Tugrul HM. Species and biovar distribution of Brucella isolates in Trakya University Hospital between 1999-2002. Mikrobiyol Bul 2004; 38(3): 187-91. [PDF]
  23. Şimşek H, Erdenliğ S, Oral B, Tülek N. İnsan kaynaklı Brucella izolatlarının tip-biyotip tayini ve epidemiyolojik olarak irdelenmesi. Klimik Dergisi 2004; 17(2): 103-6. [PDF]
  24. Köse S, Kilic S, Ozbel Y. Identification of Brucella species isolated from proven brucellosis patients in Izmir, Turkey. J Basic Microbiol 2005; 45(4): 323-7. [Özet]
  25. Yüce A, Alp-Çavuş S. Türkiye'de bruselloz: Genel bakış. Klimik Dergisi 2006; 19(3): 87-97. [Özet]
  26. Ayaşlıoglu E, Kilic S, Aydın K, Kilic D, Kaygusuz S, Agalar C. Antimicrobial susceptibiliity of Brucella melitensis isolated from blood samples. Turk J Med Sci 2008; 38(3): 257-62. [Özet] [PDF]
  27. Erdenliğ-Ceren S, Baklan EA, Aksoy HY. Enstitümüze biyotiplendirme amaçlı gönderilen insan ve hayvan kaynaklı Brucella izolatlarının çeşitli faj duyarlılıklarının belirlenmesi. VIII. Ulusal Veteriner Mikrobiyoloji Kongresi. 07-09 Ekim 2008, Van.
  28. Arda M. Türkiye'de hayvan brusellozunun genel durumu ve bruselloz mücadele projesi. 1. Ulusal İnfeksiyon Hastalıkları Kongresi. 20-23 Nisan 1987, İzmir. Kongre Kitabı, s: 166-76.
  29. Refai M. Incidence and control of brucellosis in the Near East region. Vet Microbiol 2002; 90(1-4): 81-110. [Özet]
  30. Corbel MJ. Identification of dye-sensitive strains for Brucella melitensis. J Clin Microbiol 1991; 29(5): 1066-8. [Özet] [PDF]
  31. Bricker BJ, Halling SM. Differentiation of Brucella abortus bv.1,2, and 4, Brucella melitensis, Brucella ovis, and Brucella suis bv.1 by PCR. J Clin Microbiol 1994; 32(11): 2660-6. [Özet] [PDF]
  32. Al Dahouk S, Tomaso H, Nockler K, Neubauer H, Frangoulidis D. Laboratory based diagnosis of brucellosis: a review of the literature. Part I: Techniques for direct detection and identification of Brucella spp. Clin Lab 2003; 49(9-10): 487-505. [Özet]
  33. Al Dahouk S, Tomaso H, Prenger-Berninghoff E, et al. Identification of Brucella species and biotypes using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Crit Rev Microbiol 2005; 31(4): 191-6. [Özet]
  34. Redkar R, Rose S, Bricker B, DelVecchio V. Real-time detection of Brucella abortus, Brucella melitensis and Brucella suis. Mol Cell Probes 2001; 15(1): 43-52. [Özet]
  35. Vrioni G, Priavali E, Pappas G, Gartzonika C, Levidiotou S. Application of hybridisation probe-based real-time PCR assay to monitor the Brucella DNA load in patients with brucellosis throughout different stages of the disease. 17th ECCMID. 31 Mar-04 Apr. 2007, Munich, Germany. Abstract number: 1733-955.

İletişim (Correspondence):

Doç. Dr. Selçuk Kılıç,

Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı,

Salgın Hastalıklar Araştırma Müdürlüğü,

Bakteriyel Zoonozlar Referans ve Araştırma Laboratuvarı,

Ankara, Türkiye.

Tel (Phone): +90 312 458 2169,

E-posta (E-mail): selcuk.kilic@rshm.gov.tr

Yazdır